第三步，Phasing 最后阶段了，这里分成两小步来完成：phasing和输出格式转换：# phasingtime shapeit2 \--duohmm \ -W 5 \ --input-bed chr22.nomendel.filter.bed chr22.nomendel.filter.bim chr22.nomendel.filter.fam \ --input-map genetic_map.chr22.txt \ -O hapData \ --thread 1 &&...
第三步,Phasing 最后阶段了,这里分成两小步来完成:phasing和输出格式转换: # phasingtimeshapeit2\--duohmm\-W5\--input-bed chr22.nomendel.filter.bed chr22.nomendel.filter.bim chr22.nomendel.filter.fam\--input-map genetic_map.chr22.txt\-O hapData\--thread1&&echo"** panel done **"# 格式...
http://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html#formats 事先对需要填充的样本进行phasing, 可以有效提高填充的运行效率,如果后续使用impute2进行基因型填充,推荐使用shapeit对需要填充的样本进行单倍型分析。
利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型(genotype)定相(phasing):查看两个突变是否来源于同一条链(染色体或父本或母本),two mutations carried by the same read 首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走。 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam)。 这一步需...
shapeit是一款单倍型分析工具,运算速度快,准确率高,是impute2官方推荐的pre-phasing工具。 通过隐马可夫模型来分析单倍型,简化的模型示意如下 从上到下依次有5个子图,用1到5来表示,需要分成3个部分来看。在1图中,表示的是8个位点构成的8种单倍型,每行表示一个单倍型,每一列代表一个位点,2图中用图状结构来表示...
shapeit是一款单倍型分析工具,运算速度快,准确率高,是impute2官方推荐的pre-phasing工具,官网如下 http://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html 对应的文献发表在nature method上,链接如下 https://www.nature.com/articles/nmeth.1785 ...
shapeit是一款单倍型分析工具,运算速度快,准确率高,是impute2官方推荐的pre-phasing工具,官网如下 http://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/shapeit/shapeit.html 对应的文献发表在nature method上,链接如下 https://www.nature.com/articles/nmeth.1785 ...
最近有一些果蝇SNP数据,要根据SNP数据来推测单倍体型(也就是phasing),通过检索文献,发现shapeit4应该是一个可以尝试的工具。 shapeit4的安装说明: https://odelaneau.github.io/shapeit4/ 其源代码: https://github.com/odelaneau/shapeit4 这是我见过的安装最复杂的生信软件了,首先要确定gcc软件版本(<5.0.0的版...
fast and accurate method for estimation of haplotypes (phasing) - example 其他與 shapeit4-example 有關的套件 依賴 推薦 建議 enhances shapeit4 fast and accurate method for estimation of haplotypes (phasing) 下載shapeit4-example 硬體架構套件大小安裝後大小檔案 all 51,040.1 kB 51,085.0 kB [文件...
Hofmeister RJ, Ribeiro DM, Rubinacci S., Delaneau O.Accurate rare variant phasing of whole-genome and whole-exome sequencing data in the UK Biobank. Nature Genetics (2023) Documentation Documentation, installation instructions and tutorials can be found at: ...