if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Seurat") BiocManager::install("h5ad") 然后,加载Seurat包: R library(Seurat) 2. 读取h5ad文件 Seurat提供了ReadH5AD函数来读取.h5ad文件。你需要指定文件的路径: R h5ad_file_path <...
尽管已有如 SeuratDisk 等 R 包尝试解决 Seurat 对象和 H5ad 文件之间的转换问题，但在实际操作中，用户常常遭遇各种报错，转换步骤也相对繁琐。一些研究者可能尝试手动提取、保存关键数据（如表达矩阵、细胞元数据、降维信息），再在目标环境中重新组装，这种方法不仅效率低下，而且极易在过程中丢失重要信息或引入错误...
读取.h5ad文件 使用anndata包读入adata.h5ad文件,读入后的adata数据结构如下,X储存了表达矩阵行样本名列是基因名,obs对应seurat中的meta.data是细胞的注释信息,var为基因的注释信息数据框 ad <- reticulate::import("anndata") adata <- ad$read_h5ad('adata.h5ad') 创建CellChat对象 CellChat通常需要特定的输入...
读取.h5ad文件 使用anndata包读入adata.h5ad文件,读入后的adata数据结构如下,X储存了表达矩阵行样本名列是基因名,obs对应seurat中的meta.data是细胞的注释信息,var为基因的注释信息数据框 ad <- reticulate::import("anndata") adata <- ad$read_h5ad('adata.h5ad') 创建CellChat对象 CellChat通常需要特定的输入...
然后我们就可以用python读入生成的pbmc3k.h5ad文件 import scanpy adata = scanpy.read_h5ad("pbmc3k.h5ad") print(adata) 可以看到,我们已经成功的将一个R的Seurat对象的数据,转成了h5ad格式的文件,并且成功的读入到了python中。那么接下来对python比较数据的小伙伴就可以使用python继续进行数据分析了。 二...
pbmc3k <- ReadH5AD(file = "../data/pbmc3k.h5ad") Idents(pbmc3k) <- "louvain" p1 <- DimPlot(pbmc3k, label = TRUE) p2 <- VlnPlot(pbmc3k, features = c("CST3", "NKG7", "PPBP"), combine = FALSE) wrap_plots(c(list(p1), p2), ncol = 2) & NoLegend() ...
6. Seurat对象转化为.h5ad对象 Answer:Looks like the way to do it is to write to loom format via loomR(https://github.com/mojaveazure/loomR), then read that into anndata (https://anndata.readthedocs.io/en/latest/api.html) to be written as an .h5ad file. Single cell folks need to...
#python中导出数据importscipy.sparseassparseimport scipy.ioassioimport scipy.statsasstatsimport numpyasnpimport scanpyasscimport osall_data=sc.read_h5ad("./fibroblast.h5ad")cellinfo=all_data.obsgeneinfo=all_data.varmtx=all_data.X.Tcellinfo.to_csv("cellinfo.csv")geneinfo.to...
h5格式可直接使用Read10X_h5函数读入,多样本的批量读入可能稍微麻烦点,可以选择使用lapply函数批量读入目录下所有h5,返回list先merge再创建Seurat对象。 01 单样品读入 这里我们以GSE237611为例,点击custom展开文件,勾选h5格式将其下载到本地。 #使用Read10X_h5函数读入: ...
其中MuDataSeurat::ReadH5AD(),SeuratDisk是支持 h5ad & Seurat object双向转换的。以SeuratDisk为例: library(Seurat) library(SeuratData) library(SeuratDisk) url <- "https://seurat.nygenome.org/pbmc3k_final.h5ad" curl::curl_download(url, basename(url)) ...