基于Seurat v5: kidneyH5 函数是基于 Seurat v5 版本的数据结构设计的。Seurat v5 引入了多层(Layers)结构来管理不同的数据矩阵(如 counts, data, scale.data)。在转换前,强烈建议(通常是必须)先运行 JoinLayers 函数,将您需要保留在 H5ad 文件中的主要数据层(通常是原始 counts 矩阵)整合,以确保数据被正确导出。
请确保将h5ad_file_path替换为你的实际.h5ad文件路径。这样,你就可以使用Seurat包来处理和分析你的单细胞RNA序列数据了。
2. 在python中将loom文件转存为h5ad格式 import scanpy as sc results_file = './B265-multiclone.loom' adatas = sc.read_loom(results_file, sparse=True, cleanup=False, dtype='float32') adatas.write('./B265-multiclone_seurat2scanpy.h5ad') loom转h5ad还是需要挺长时间的。版权...
今天小编就跟大家分享一个R包SeuratDisk,能够实现R中seurat格式的对象和python里面h5ad格式的对象,相互转换。 下面我们以10X的3k PBMC数据为例给大家演示一下一、R seurat转python h5ad library(Seurat) #remotes::install_github("satijalab/seurat-data") library(SeuratData) library(SeuratDisk) #Install...
二、python h5ad转R seurat 如果GEO里面找到的是一个h5ad格式的文件,而你又对python不是很熟,平时都用R做单细胞数据分析。那么我们还是可以使用SeuratDisk这个包将h5ad转成seurat对象。 library(Seurat)library(SeuratDisk) Convert("pbmc3k_final.h5ad", dest = "h5seurat", overwrite = TRUE)pbmc3k <- Load...
Seurat转h5ad总结 技术标签: R 杂类 r语言# 安装并加载 SeuratData中的pbmc3k数据集 # library(SeruatData) # 1.--->install.packages("/Users/xiaokangyu/Desktop/单细胞学习/单细胞数据集/pbmc_3k/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz",repos=NULL,type="source") # 2.--->library(pbmc3k.SeuratData...
方法一:(已测试好用) library(SeuratDisk) library(Seurat) #seurat2h5seurat中间过渡 SaveH5Seurat(seurat.obj,filename="test.h5seurat", overwrite = TRUE) #数据转为最终h5ad格式 Convert("test…
背景 在基因组学数据分析场景下,有些数据被保存为了R语言中的Seurat对象格式,我们的需求是将Seurat对象格式的数据转换为Python能处理的h5ad格式。 R处理代码 ### 1.准备工作 # 1.1 readr包安装 install.p...
这个问题我们之前提到过,很多小伙伴可能看到某些文章中这样的可视化,很感兴趣,其实熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出图,虽然R也能实现这样的效果,但是自从我们集全了seurat转h5ad(单细胞seurat V5转V4格式及seurat转为h5ad格式),以及h5ad转seurat之后(玩转单细胞(16):Scanpy单细胞h5ad数据转化为Seurat...
站长在上一篇文章提到了Conver Seurat to Scanpy h5ad的几个方法或者工具: 当你看中了Scanpy的绘图风格,手里却只有Seurat对象... 其中MuDataSeurat::ReadH5AD(),SeuratDisk是支持 h5ad & Seurat object双向转换的。以SeuratDisk为例: library(Seurat)