# 假设 your_seurat_object 是已经过初步质控和降维的 Seurat 对象# pcs 是您选择用于分析的主成分数量pcs <- 1:20 # 示例值# rate 是预估的双细胞比例（例如，8% 对应 rate = 8）# select 控制筛选严格程度，"high" 表示优先移除可能性高的细胞seurat_filtered <- KidneyDoublet(seurat = your_seurat_...
R head(seurat_object@meta.data) DimPlot(seurat_object) 保存或进一步分析Seurat对象: 可以使用Seurat包中的函数保存Seurat对象或进行进一步的数据分析。 R saveRDS(seurat_object, "path/to/save/seurat_object.rds") 通过以上步骤,可以将h5ad文件成功转换为Seurat对象,并在R中进行后续的单细胞数据分析。
很多r包提供了函数来实现annadata与seuart对象,但是报错频出,不如就用这个最原始的方法。 到这里,读者可以自行尝试h5ad文件转为seurat对象
第二步,在R中读取导出的数据,并创建seurat对象 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 cellinfo=read.csv("/home/data/t040413/heart_muscle/item1_NF_DCM_HCM/fibroblast/cellinfo.csv",row.names="X")head(cellinfo)geneinfo=read.csv("/home/data/t040413/heart_muscle/item1_NF_DCM_...
那么我们还是可以使用SeuratDisk这个包将h5ad转成seurat对象。 library(Seurat) library(SeuratDisk) Convert("pbmc3k_final.h5ad", dest = "h5seurat", overwrite = TRUE) pbmc3k <- LoadH5Seurat("pbmc3k.h5Seurat") pbmc3k #> An object of class Seurat #> 13714 features across 2638 ...
(file = "/home/data/t040413/heart_muscle/item1_NF_DCM_HCM/fibroblast/sparse_matrix.mtx")head(counts)[,1:9]dim(counts)rownames(counts)=rownames(geneinfo)colnames(counts)=rownames(cellinfo)library(Seurat)All.merge=CreateSeuratObject(counts = counts,project = "All.merge",meta.data ...
library("Seurat") library("anndata") print("Convert from Scanpy to Seurat...") data <- read_h5ad("example.hd5ad") data <- CreateSeuratObject(counts = t(data$X), meta.data = data$obs) print(str(data)) 还是报错!如果是初学者,这个时候可能已经崩溃了!@!
其中MuDataSeurat::ReadH5AD(),SeuratDisk是支持 h5ad & Seurat object双向转换的。以SeuratDisk为例: library(Seurat) library(SeuratData) library(SeuratDisk) url <- "https://seurat.nygenome.org/pbmc3k_final.h5ad" curl::curl_download(url, basename(url)) ...
Fix importing H5AD file into Seurat object Browse files Replace using `SeuratDisk` with `anndata` for loading H5AD file in R, which bypasses the H5Seurat format conversion step and fixes and error when loading this format. Conversion is based on this comment: mojaveazure/seurat-disk#109 (...
补充:如果更新seurat为seurat 5这里会失败,需要把数据对象转换为seurat v3的assay再重新转换,如下: options(Seurat.object.assay.version = "v3") object = CreateSeuratObject(counts = GetAssayData(seurat.all.cc, assay="RNA", layer = "counts"), #data = GetAssayData(seurat.all.cc, assay="RNA", ...