注意:data.dir应该指向包含.h5文件的目录,而不是文件本身。但是,如果.h5文件是唯一的,并且你直接想从文件中读取,可以使用h5参数直接指向文件: R data <- Read10X_h5(filename = "path/to/your/data.h5") 这里Read10X_h5是一个更直接读取.h5文件的函数。 检查读取的数据是否符合预期: 读取数据后,你可...
(使用Read10X_h5函数读取h5格式的单细胞数据文件) seurat_data <- Read10X_h5(file = h5_file) # 创建Seurat对象(使用CreateSeuratObject函数创建Seurat对象,并将读取的h5格式数据转换为Seurat对象) seurat_obj <- CreateSeuratObject(counts = seurat_data, project = "GSM6045825_wt", min.features = 200, ...
(Seurat) # H5文件读入和转化为Seurat对象 # https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/labs/compiled/seurat/seurat_01_qc.html setwd('GSE146981_RAW/') fs=list.files(pattern = '.h5') fs lapply(fs, function(x){ x=fs[1] print(x) a=Read10X_h5( x ) a[1:4,1:4] library(string...
用Read10X_h5()进行读取: data1 <- Read10X_h5("5k_mouse_liver_CNIK_3pv3_filtered_feature_bc_matrix.h5") 3.3 csv格式的文件读取 针对一些从网上下载下来的csv格式的数据,先将csv格式文件读取进来: data2 <- read.csv("matrix.csv",stringsAsFactors = FALSE, row.names = 1) 读取后要先转化为matrix...
(使用Read10X_h5函数读取h5格式的单细胞数据文件) seurat_data<-Read10X_h5(file=h5_file)# 创建Seurat对象(使用CreateSeuratObject函数创建Seurat对象,并将读取的h5格式数据转换为Seurat对象) seurat_obj<-CreateSeuratObject(counts=seurat_data,project="GSM6045825_wt",min.features=200,min.cells=3)# 查看...
# 导入Seurat包library(Seurat)# 查看当前工作目录getwd()# 设置工作目录(将工作目录切换到指定路径下)setwd("D:/project/scRNA")# 指定要读取的文件所在位置和文件名称h5_file<-"./data/GSE200874/GSM6045825_wt_filtered_gene_bc_matrices_h5_1.h5"# 读取h5格式的文件(使用Read10X_h5函数读取h5格式的单细胞...
files( dir ) samples #读取h5格式文件 sceList = lapply(samples,function(pro){ print(pro) counts = Read10X_h5( file.path(dir,pro)) return(counts) }) #更改列名,让barcodes具有特异性 samples<-str_split(samples,"_",simplify = T)[,1] for (i in 1:length(sceList)) { col<-colnames(...
h5格式可直接使用Read10X_h5函数读入,多样本的批量读入可能稍微麻烦点,可以选择使用lapply函数批量读入目录下所有h5,返回list先merge再创建Seurat对象。 01 单样品读入 这里我们以GSE237611为例,点击custom展开文件,勾选h5格式将其下载到本地。 #使用Read10X_h5函数读入: ...
最新版本的 cellranger 现在也使用 h5 文件格式输出,可以使用 Seurat 中的函数读取该格式。Read10X()Read10X_h5()接下来,我们使用 count 矩阵创建一个对象。包含单个细胞数据集的数据(如计数矩阵)和分析(如 PCA 或聚类结果)。在 Seurat v5 中,计数矩阵存储在Seuratpbmc[["RNA"]]$counts中...
samples,function(sample){counts<-Read10X_h5(filename=paste0(sample,'filtered_feature_bc_matrix.h5...