Seurat v5 目前还不能通过CRAN直接安装,只能通过GitHub进行安装,下面就为大家演示Seurat v5的安装和常规scRNA-seq数据的分析。 01 R包的安装与解决报错 #由于目前只是beta版,只能通过github安装; library(remotes) install_github("satijalab/seurat","seurat5") #载入seurat包; library(Seurat) #安装其他范例文件可...
Seurat是R语言中被用于单细胞RNA-seq质控、分析的一个r包。从而时用户可以鉴定来自单细胞转录本测定的异质性来源。其中,Seurat包的应用主要包含了:数据导入、数据过滤、数据归一化、特征选择、数据缩放、数据降维、聚类、数据可视化以及差异表达基因分析的功能。 本文主要讲解Seurat包的安装以及其简单的应用,包括数据导入...
1.安装命令 > install.packages('Seurat') 注意:目前Seurat最高版本是3.0版本,需要适配的R的版本在3.4及以上,如果你的R版本在3.4以上,即可直接在R中安装。 2.安装成功后引用R包可能会出现的错误 此时,我们需要再安装spatstat.data这个包: > install.packages('spatstat.data') 当安装spatstat.data包时,可能还会...
【1】先安装r语言包 https://cloud.r-project.org/bin/macosx/ 【2】再安装工具包 install.packages('Seurat') 【3】安装 Seurat 包之后,执行library(Seurat) 会发现报很多错,此时因为很多依赖包还没安装 install.packages("Matrix") install.packages("spam") install.packages("vctrs") install.packages("tid...
Seurat安装 1、下载Seurat包: https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Seurat_4.4.0.tar.gz 2、 install.packages("Seurat_4.4.0.tar.gz",lib="/Rlibrary",repo=NULL,type="source")...
Seurat安装 1、下载Seurat包: https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Seurat_4.4.0.tar.gz 2、 install.packages("Seurat_4.4.0.tar.gz",lib="/Rlibrary",repo=NULL,type="source")...
Install any version 3 release (对应R的版本为3.X) Any of the Seurat version 3 releases can be installed with the following command: install.packages('remotes') remotes::install_version("Seurat", version="3.2.3") 如果安装失败,可以先安装依赖的包,一个一个安装。
package ‘Seurat’ was built under R version 3.6.3 解决方法: 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. install.packages('devtools')devtools 1. 2. remove.packages(grep("spatstat", installed.packages(), value = T)) .rs.restartR() devtools::install_version("spatstat", version = "1.64-1") ...
我在4月的时候开心的拿到我下游的R语言的数据,准备认真的做几次的复现,然后直接走下面大家的单细胞分析流程,但是我4月初卡在了装包上,通过一个一个手动的添加所需要的依赖库还有缺少的R包,终于历时了2-3d装好了,但是我4月30号手欠的听从了R的指示,说要安装limma去做后面的亚群差异分析的时候,我的服务器的...
昨天是把能编译好的g++环境和stringi安装上了,也跟了那个帖子,但是发现rgeos还是装不上,请教了师兄,师兄说我的R是用的Conda装的,所以后面装包的话尽量用conda装,这样可以减少后面环境编译引起的问题。 conda的error 因此先尝试用conda安装rgeos。 代码语言:javascript ...