install_github("satijalab/seurat","seurat5") #载入seurat包; library(Seurat) #安装其他范例文件可能用到的R包(SeuratData、SeuratObject、Azimuth、SeuratWrappers、Signac); install_github("satijalab/seurat-data","seurat5") install_github("mojaveazure/seurat-object","seurat5") install_github("stuart-l...
Install Rtools (https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/).Then use the pkgbuild package, or make sure that Rtools in the PATH.2:In i.p(...) :installation of package ‘C:/Users/ADMINI~1/AppData/Local/Temp/Rtmpw9bH6E/remotes3878357a1a/Seurat’ had non-zero exit status Insta...
─ building ‘SeuratDisk_0.0.0.9021.tar.gz’ 将程序包安装入‘/home/xxx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3’ (因为‘lib’没有被指定) ERROR: dependency ‘hdf5r’ is not available for package ‘SeuratDisk’ * removing ‘/home/xxx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.3/SeuratDisk’ Warning m...
首先是R语言版本的升级 我在尝试了对R4.0版本的安装Seurat后,发现我的编译路径一直在报错,因为我们的服务器目前是有两个R语言的版本,一个低版本的,一个是4.0以上的,所以有的时候如果没有将路径给全,有的时候编译的就不对,我一直以为是这样,所以我果断下了4.2的R版本,将环境变量给到4.2,但是发现我的g++编译不...
手动安装第一个包后发现有可能还是编译的环境出现了问题,因此我还是选择用conda进行安装。 代码语言:javascript 复制 conda install-c conda-forge r-rcppannoy 解决到这里,我在想我为什么没有一开始直接conda安装seurat呢,感觉这样直接能越过这些问题,节省不少时间吧,/(ㄒoㄒ)/~~。
## 如果环境依赖其他的包可以使用 conda install XX来进行安装 例:conda install -c conda-forge hdf5 # 检查是否安装成功 R library(SeuratDisk) #Registered S3 method overwritten by 'SeuratDisk': # method from # as.sparse.H5Group Seurat 使用示例 ...
throw.default R.methodsS3 > packageVersion("Seurat") [1] ‘3.0.2’ 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 我在另一个library 里安装了 Seurat 2 /data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library 在两者间自由切换 1. 首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来 ...
你可以先在官网上安装Rstudio（界面很友好）：网页链接 然后在Rstudio中进行所有操作，在Rstudio右下角中的packages，查找“seurat”，点击install，就好；编写程序时，记得library(dplyr)～
最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。 1 conda create -n seurat4 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* 重点: 建一个单独的R4的文件夹 ...
ERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’解决办法:1. 下载hdf5-1.8.13的源码wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.8/hdf5-1.8.13/src/hdf5-1.8.13.tar.bz2 2. 编译安装tar xjf hdf5-1.8.13.tar.bz2 cd hdf5-1.8.13 ./configure --prefix=$HOME/.local/bin/hdf5-...