1、下载Seurat包: https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Seurat_4.4.0.tar.gz 2、 install.packages("Seurat_4.4.0.tar.gz",lib="/Rlibrary",repo=NULL,type="source") 提示报错 ERROR: dependencies ‘leiden’, ‘png’, ‘reticulate’...
【1】先安装r语言包 https://cloud.r-project.org/bin/macosx/ 【2】再安装工具包 install.packages('Seurat') 【3】安装 Seurat 包之后,执行library(Seurat) 会发现报很多错,此时因为很多依赖包还没安装 install.packages("Matrix") install.packages("spam") install.packages("vctrs") install.packages("tid...
相对于之前的版本,Seurat v5主要对空间组学图像数据分析、多组学整合分析、百万级细胞数据集分析等诸多功能进行了更新,在实际使用中感受比较明显的地方就是Seurat数据对象的assay结构进行了重新设计。 使用官方的pbmc3K范例数据,旧版Seurat创建的初始对象大小为58.5M,初始对象的结构如下图。 执行命令options(Seurat.object....
如果你成功安装了Rtools并且和R以及Rstudio在同一目录下,即可成功安装,如果这一步仍然报错,那么你需要检查以下是否正确安装了Rtools,同时也要注意R和RStudio的版本对应问题哦~ 以上问题解决后,当我们在R中引用Seurat包就不会报错了! 二、Seurat包的简单使用 经过一番周折,我们成功安装了Seurat包。接下来我们要学习怎...
手动安装第一个包后发现有可能还是编译的环境出现了问题,因此我还是选择用conda进行安装。 代码语言:javascript 复制 conda install-c conda-forge r-rcppannoy 解决到这里,我在想我为什么没有一开始直接conda安装seurat呢,感觉这样直接能越过这些问题,节省不少时间吧,/(ㄒoㄒ)/~~。
安装Seurat包 1. install.packages('Seurat', type = "binary") 1. install.packages('Seurat')library('Seurat')packageVersion("Seurat")相关包下载 install.packages(c('dplyr','patchwork')) 1. 2. 3. 4. 5. 6. > library("Seurat")
remotes::install_version("Seurat", version="3.2.3") 如果安装失败,可以先安装依赖的包,一个一个安装。 ERROR: dependencies 'leiden', 'lmtest', 'png', 'reticulate', 'ROCR', 'rsvd', 'scattermore', 'sctransform', 'spatstat', 'uwot' are not available for package 'Seurat' ...
macports-packages-R-Seurat安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含macports-packages-R-Seurat安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。
R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 ...
你可以先在官网上安装Rstudio（界面很友好）：网页链接 然后在Rstudio中进行所有操作，在Rstudio右下角中的packages，查找“seurat”，点击install，就好；编写程序时，记得library(dplyr)～