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(1) Seurat 的 Command() 是干啥的? //todo 源码: find.command <- Command(object = object)[Command(object = object) %in% cmds] >Command(pbmc_small)[1]"NormalizeData.RNA""ScaleData.RNA"[3]"RunPCA.RNA""BuildSNN.RNA.pca"[5]"FindClusters""RunTSNE.pca"[7]"JackStraw.RNA.pca""ScoreJackS...
immune.anchors <- FindIntegrationAnchors(object.list = ifnb.list, anchor.features = features) 其次,是运用CCA方法整合多样本数据集的IntegrateData( ),输入锚点即可返回整合好的数据集: # this command creates an 'integrated' data assay immune.combined <- IntegrateData(anchorset = immune.anchors) immune....
│ └──[2.5K]pancreas_commandList.R └──[ 170]tutorial ├──[8.2K]Seurat_AlignmentTutorial.Rmd └──[7.6M]Seurat_AlignmentTutorial.pdf IntegratedAnalysis_ExpressionMatrices ├──[102M]marrow_mars.expressionMatrix.txt ├──[ 66M]marrow_ss2.expressionMatrix.txt ...
│ ├──[2.9K]marrow_commandList.R│ └──[2.5K]pancreas_commandList.R└──[170]tutorial ├──[8.2K]Seurat_AlignmentTutorial.Rmd └──[7.6M]Seurat_AlignmentTutorial.pdf IntegratedAnalysis_ExpressionMatrices ├──[102M]marrow_mars.expressionMatrix.txt ...
在Seurat的官网可以看到SCTransform关于的描述,是:Note that this single command replaces NormalizeData(), ScaleData(), and FindVariableFeatures() 但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码...
在Seurat的官网可以看到SCTransform关于的描述,是:Note that this single command replaces NormalizeData(), ScaleData(), and FindVariableFeatures() 但是因为我接触单细胞有点早,是2017附近,那个时候经历了Seurat的v2变成v3的大更新,跟现在的小伙伴们经历了v4变成v5是一样的困扰,所以其实我从来就没有在我的代码...
Adding command information Adding cell-level metadata Adding miscellaneous information Adding tool-specific results 可以看到这个参考数据集做了基本的计算,并以h5Seurat文件的形式存储,这种格式允许在磁盘上存储多模式Seurat对象。 代码语言:javascript 复制
object <- LogSeuratCommand(object = object)return(object) } 上面的代码基本上没有给啥信息,一层层的跟套娃一样,还是得看里面的RunPCA函数的,而不是RunPCA.Seurat ,我们要看的是RunPCA.default函数,代码如下: 再看RunPCA.default的代码: RunPCA.default <-function( ...