Seqtk是针对fastq/fasta格式数据的处理工具,其出自生信大神李恒之手,李恒是samtools、bwa、maq等著名生信软件的核心作者。Seqtk基于C语言编写的软件,运行速度极快,极大地提高工作效率。seqtk日常序列的处理包括,比如:fq转换为fa,格式化序列,截取序列,随机抽取序列...
Seqtk是Heng Li(https://github.com/lh3)大神开发的一款用于处理fasta/fastq文件的工具,因其操作轻便且跨平台,继而受到广大科研人员的青睐,目前这个项目在github上已经被标星602次。Seqtk的安装就和Heng Li大神的图像一样简单 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 git clone https://github.com/lh3...
seqtk seq -Cl60 in.fa > out.fa 05. 将多行FASTQ转换成4行FASTQ seqtk seq -l0 in.fq > out.fq 06. 对FASTA/FASTQ序列做反向互补 seqtk seq -r in.fq > out.fq 07. 根据输入的name.lst文件内容提取对应序列,name.lst文件格式为每行一个序列名; seqtk subseq in.fq name.lst > out.fq 08. ...
1.将FASTQ文件转换为FASTA文件: shell seqtk seq -a input.fastq > output.fasta 这个命令会将输入的FASTQ文件转换成FASTA格式,并将结果写入一个新的输出文件。 2.将FASTA文件转换为FASTQ文件: shell seqtk seq -q input.fasta > output.fastq 类似地,这个命令将输入的FASTA文件转换成FASTQ格式,并将结果写入一个...
-转换为FASTA格式: sh seqtk seq -a 上述命令将会将FASTA格式的序列文件转换为FASTQ格式。 3.过滤序列:seqtk可以根据序列的质量值过滤出所需的序列。以下是一个示例: sh seqtk seq -Q64 -q20 上述命令将会从FASTQ文件中过滤出质量值大于等于20的序列。 4.修剪序列:seqtk可以对序列进行修剪,删除序列的固定...
seqtk 是一款针对fasta/fastq 文件进行处理的小程序,有很多的功能,速度很快,很方便; 源代码:https://github.com/lh3/seqtk 安装: git clone https://github.com/lh3/seqtk cd seqtk make 测试: seqtk seq : 用途: 1)将fastq 文件转换成fasta 文件 ...
将fastq转换成fasta: seqtk seq -a Sample_R1.fq.gz > Sample_R1.fa 得到反向互补序列: seqtk seq -r Sample_R1.fq.gz > Sample_Revc_R1.fq 2.sample 随机抽样 seqtk sample -s100 Sample_R1.fq.gz 10000 #可直接对压缩文件进行序列随机提取,在提取R1和R2两个文件的时候,需要-s值一致,才能使提取...
001、安装 git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqtk/ make ./seqtk | head -n 3 002、fastq格式转换为fasta格式 [s20223040682@admin2 test]$ ls test.fastq [
FastQ文件 首选我们要了解fastq文件——FASTQ是基于文本的,保存生物序列(通常是核酸序列)和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符来表示,常用于高通量测序数据的存储。最初由Sanger开发,目的是将FASTA序列与质量数据放到一起,目前已经成为高通量测序结果的标准格式。