head-genome:打印第一个基因组的序列,名称中有共同的前缀。 locate:定位到subsequences/motifs,允许不匹配。 mutate:编辑序列(点突变、插入、删除)。 pair:从两个FASTQ文件中匹配成对的reads。 range:打印范围内的FASTQ/FASTA文本。 rename:重复ID重命名。 replace:用正则表达式替代名称或序列。 restart:重置环形基因...
8.fx2tab & tab2fx 将fasta/q转换为表格形式 $seqkit fx2tabhairpin.fa.gz | head -n 2 #序列转化表格格式 $ seqkit fx2tab hairpin.fa.gz -l -g -n -i -H | head #打印序列长度、GC含量 (注释:-l 统计序列长度;-g 统计平均GC含量;-i 只打印名称(不打印序列);-H 打印标题行) $ zcat hairp...
genautocomplete:生成shell自动完成脚本(bash|zsh|fish|powershell) grep:通过ID/name/sequence/sequence/motif搜索序列,允许不匹配 head:提取前n条序列 head-genome:打印第一个基因组的序列,名称中有共同的前缀 locate:定位到subsequences/motifs,允许不匹配 mutate:编辑序列(点突变、插入、删除) pair:从两个fastq文件...
| seqkit tab2fx | head # 等同于下面的命令 seqkit sort -l hairpin.fa.gz | head # 通过这个转化可以将很多在表格中实现的数据处理方法用于序列 例如下面的提取1000个序列:seqkit fx2tab hairpin.fa.gz | head -n 1000 | seqkit tab2fx | head 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12...
head 打印第一条序列 help 打印帮助信息 locate 定位序列,或者motifs,允许错配 mutate 编辑序列(点突变、插入、删除) pair 匹配双端序列文件 range 打印一个范围内的序列 rename 重命名重复序列ID replace 使用正则表达式修改名称或者序列 restart 重置环状基因组的起始位置 ...
fx2tab 和 tab2fx：用于在FASTA/Q格式和制表符格式之间进行转换。fq2fa：将FASTQ格式转换为FASTA格式。搜索和定位：grep：支持精确或模糊匹配，用于在序列中搜索特定模式。locate：进行序列定位，找出特定序列在文件中的位置。fish：进行局部比对查找，适用于更复杂的搜索需求。集合操作：head：打印文件的首行...
head-genome print sequences of the first genome with common prefixes in name pair match up paired-end reads from two fastq files range print FASTA/Q records in a range (start:end) rmdup remove duplicated sequences by ID/name/sequence ...
(base) [root@pc1 Seqkit]# echo"export PATH=$PATH:/home/software/Seqkit">> ~/.bashrc## 添加环境变量(base) [root@pc1 Seqkit]# source ~/.bashrc## 加载环境变量(base) [root@pc1 Seqkit]# seqkit --version |head## 调用测试Error: unknown flag:--version ...
seqkit 软件的安装 001 下载静态软件 wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.4.0/seqkit_linux_amd64.tar.gz 002、解压 tar -xzvf seqkit_linux_amd64.tar.gz 003、调用测试 ./seqkit --help | head
print ID instead of full head 举例: seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa 输出结果: 2、序列长度分布统计 xUsage: seqkit stat [flags] 举例: seqkit stat test.fa 输出结果: 四、根据ID或特定的motif筛选提取序列 seqkit grep [flags] ...