将Keth-seq的鸟嘌呤信号和icSHAPE进行全局和转录水平上的比较,发现两者之间吻合较好(80%正相关)。此外,使用RNA STRAND数据库的已知结构模型,对两种不同的方法得到的小鼠18S核糖体RNA鸟嘌呤的反应谱进行比较后,发现Keth-seq对单链鸟嘌呤核苷...
RNA secondary structure is critical to RNA regulation and function. We report a new N3-kethoxal reagent that allows fast and reversible labeling of single-stranded guanine bases in live cells. This N3-kethoxal-based chemistry allows efficient RNA labelin
与icSHAPE方法类似,azido-kethoxal (N3-kethoxal, 1) 通过特异性地标记ssRNA链中鸟嘌呤链接处的N1和N2位置,然后结合深度测序的方法来探测RNA二级结构,即Keth-seq。由于Keth-seq方法构建的文库与icSHAPE类似,因此,同样可以使用icSHAPE流程的脚本来处理Keth-seq的测序数据。 上面一段文字简单描述了Keth-seq的原理...