convert:在Sanger、Solexa和Illumina之间转换FASTQ质量编码。 duplicate:复制指定次数的序列。 fa2fq:从FASTA文件中提取FASTQ文本。 fx2tab:将FASTQ/FASTA文件转换为表格格式,包含GC含量和质量等信息。 genautocomplete:生成shell自动完成脚本(bash、zsh、fish、powershell)。 grep:通过ID、名称、序列或motif搜索序列,允许不...
之间处理fasta或者fastq时总是自己进行写脚本,比如:fasta-fastaq的转化,根据名称调取fasta序列等;自从发现了seqkit,着实方便,再也不用费时间写脚本。安装conda install seqkit 使用序列操作 (seq)## 取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa ## 取互补序列 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa ##...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence 三、序列信息统计 1、序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx...
seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含description部分,而不是序列id。 -s, --by-seq 匹配序列 -d, --degenerate pattern/motif 包含简并碱基 -i, --ignore-case 忽略大小写 -v, --invert-match 输出不匹配此模式的内容 ...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence
# fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式 seqkit fx2tab ex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq #序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数 # 输出序列长度,GC含量,名字,ID ...
seqkit scat -j4-f fastq_dir > all.fq 6. seqkit转换fasta为氨基酸序列文件 # 查看密码子表详细表, notincluding ambigugous codonsseqkit translate -l1# 查看密码子表详细表, including ambigugous codonsseqkit translate -L1# The Standard Code (transl_table=1)# Source: https://www.ncbi.nlm.nih.go...
grep:使用正则表达式搜索特定序列。通过解压创建二进制文件,赋予其执行权限,并将其移动到目标路径下,即可使用SeqKit。SeqKit的输入文件包括fasta、fastq.gz等格式,以及基因组注释的gtf和gff文件。熟悉命令行操作和SeqKit的使用,将为后续学习Linux中的各种操作打下坚实基础,实现事半功倍的效果。SeqKit的高效性和易用性,使...
fq2fa 转换FASTQ到FASTA fx2tab 将FASTA/Q转换为表格格式(包含长度/GC含量/GC偏好) genautocomplete 生成shell自动完成脚本 grep 通过ID/name/sequence/sequence motif搜索序列,允许错配 head 打印第一条序列 help 打印帮助信息 locate 定位序列,或者motifs,允许错配 ...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence