#答案操作流程: less -S Data/example.fq##首先 less -S Data/example.fq | grep '@'| wc # 10 10 20##20主要是没和后面有一个换行符,累计起来20个 5. 查找 example.fq 文件 以 @ 开头 的行并统计 #答案流程: less -S Data/example.fq | grep '@' less -S Data/
[root@linuxcool ~]#grep linuxprobe /etc/passwd /etc/shadow/etc/passwd:linuxprobe:x:1000:1000:linuxprobe:/home/linuxprobe:/bin/bash /etc/shadow:linuxprobe:$6$9Av/41hCM17T2PrT$hoggWJ3J/j6IqEOSp62elhdOYPLhQ1qDho7hANcm5fQkPCQdib8KCWGdvxbRvDmqyOarKpWGxd8NAmp3j2Ln00::0:99999:7::: ...
我们可以看到，fq就是我们的软连接名字，它指向了我们的fqd文件夹，如果我们在这里进入fq文件夹，那我们...
/etc/shadow:linuxprobe:$6$9Av/41hCM17T2PrT$hoggWJ3J/j6IqEOSp62elhdOYPLhQ1qDho7hANcm5fQkPCQdib8KCWGdvxbRvDmqyOarKpWGxd8NAmp3j2Ln00::0:99999:7::: 搜索多个文件中,包含某个关键词的内容,不显示文件名称: [root@linuxcool ~]# grep -h linuxprobe /etc/passwd /etc/shadow linuxprobe:x:10...
[root@linuxcool~]# grep linuxprobe /etc/passwd /etc/shadow/etc/passwd:linuxprobe:x:1000:1000:linuxprobe:/home/linuxprobe:/bin/bash/etc/shadow:linuxprobe:$6$9Av/41hCM17T2PrT$hoggWJ3J/j6IqEOSp62elhdOYPLhQ1qDho7hANcm5fQkPCQdib8KCWGdvxbRvDmqyOarKpWGxd8NAmp3j2Ln00::0:99999:7::: ...
sed '1~3s/is/IS/' 处理第1、4、7、10行 常运用于fq文件 sed '/www/ s/is/IS/' 处理能匹配到www的行 查: sed -n '2~4p' 查找并输出某些行 sed -n '/关键词/p' #根据关键词进行查找 sed -n 's/ee/EE/p' #输出的同时被处理 ...
Data/example.gtf | grep -w -e 'CDS' -...e 'UTR' cat Data/example.fq | grep -c '@' cat Data/example.fq | grep -c '^@' grep -r -E -n 'TATA[AT...,因为有些质量行可能是@开头 cat Data/example.fq | grep -c '^@ERR' >1000 cat Data/example.fq | grep '^@' | grep ...
grep -f grep.txt test.txt , 输出内容为 abc def 今天遇到个问题,从fastq 文件中根据seq id 进行筛选, 就可以结合上面的用法来完成, 首先将seq id 放到一个seq.id.txt; 然后运行 grep -f seq.id.txt -A 3 test.fq 即可输出结果,而且如果seq id 有重复,也只会输出一次。需要注意的就是每一个seq ...
grep"fq.*$"oldboy.txt# 从fq开始匹配到结尾 1. 2. 8 [abc] 中括号匹配[]集合内的任意一个字符 grep'[abc]' 1. 匹配[abc]内任意一个字符,可我们看见匹配了ac,这是俩字符,我们显示一下匹配过程 grep-o'[abc]' 1. a和c是分两次匹配的 ...
Make fqgrep more grep-like in its options (#13) Dec 15, 2022 Repository files navigation README Code of conduct MIT license fqgrep Grep for FASTQ files. Search a pair of fastq files for reads that match a given ref or alt sequence. Install From bioconda conda install -c bioconda fqgr...