FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 。举例:seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.faFASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab举例:seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.faseqkit fx2tab reads_1.fq >reads_1.fq.tab.fqtab格式:ID sequence3)序列信息统计A、序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [...
$ seqkit faidx tests/hairpin.fa hsa-let-7a-1:1 #提取子序列第1个碱基 7.fa2fa fa文件转换为fa文件 $ seqkit fq2fa reads_1.fq.gz -o reads_1.fa.gz #fq转fa 8.fx2tab & tab2fx 将fasta/q转换为表格形式 $seqkit fx2tabhairpin.fa.gz | head -n 2 #序列转化表格格式 $ seqkit fx2tab hai...
fq2fa:将fastq文件转换为fasta文件。 fx2tab:将fasta/fastq文件转换为tab格式,并显示GC等信息。 grep:使用正则表达式搜索特定序列。通过解压创建二进制文件,赋予其执行权限,并将其移动到目标路径下,即可使用SeqKit。SeqKit的输入文件包括fasta、fastq.gz等格式,以及基因组注释的gtf和gff文件。熟悉命令行操作和SeqKit的使...
seqkit fq2fa C1_1.fq.gz -o C1_1.fa 1. fx2tab & tab2fx 序列转化表格格式 这一转化很有用,往往用于表格/矩阵处理的时候。 AI检测代码解析 seqkit fx2tab hairpin.fa.gz | head -n 2 1. 通过矩阵格式的序列文件统计序列长度和质量值 -l 统计序列长度 -g 统计平均GC含量 -i 只打印名称(不打印序...
seqkit fq2fa test.fq -o test.fa 11.将fasta格式转化为tab格式 seqkit fx2tab test.fa > test_tab.fa (没有seq参数) 三、序列信息统计 1.序列碱基含量 seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test.fa 2.序列长度的整体分布统计 seqkit stat test.fa ...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence
fx2tab 和 tab2fx：用于在FASTA/Q格式和制表符格式之间进行转换。fq2fa：将FASTQ格式转换为FASTA格式。搜索和定位：grep：支持精确或模糊匹配，用于在序列中搜索特定模式。locate：进行序列定位，找出特定序列在文件中的位置。fish：进行局部比对查找，适用于更复杂的搜索需求。集合操作：head：打印文件的首行...
seqkit fq2fa reads_1.fq.gz -o reads_1.fa.gz 6.将FASTA/Q转换为表格格式,并提供各种信息, 如序列长度 GC $ seqkit fx2tab hairpin.fa.gz -l -g -n -i -H | head -n 4 | csvtk -t -C '&' pretty#name seq qual length GCcel-let-7 99 43.43cel-lin-4 94 54.26cel-mir-1 96 40.62...
# fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式 seqkit fx2tab ex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 序列碱基含量及序列长度信息统计 seqkit fx2tab [flags] 参数 参数 作...
fa2fa # fastq 转换为 fastaseqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa# FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式seqkit fx2tab ex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq # 序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags] 参数 # 输出序列长度,GC含量,名字,IDseqkit fx2tab -l -g -n -...