配合参数 -s 设定随机种子,默认11; 配合参数 -f 设定抽取数据量比例。 例如: 1seqtk seq -s11-f0.6805888$dir/CNR01/WGS.read1.fq.gz |gzip >new_r1.fq.gz2seqtk seq -s11-f0.6805888$dir/CNR01/WGS.read2.fq.gz |gzip >new_r2.fq.gz 或者直接抽取固定的read 条数, 如抽取1百万条reads: 1se...
AI代码解释 >echo"A00679:63:HGVWCDSXX:4:1403:24569:25911"|seqtk subseq-t test.fq-@A00679:63:HGVWCDSXX:4:1403:24569:25911ATTCACTCATGTACACCTTTCTTCCTCCTCTCTTCATCTCCTATCCCAAATATCTATCTCAACCATCTACATGGCTTCATCTCCTCCTTTGTTCCCGTCGTCCGATCCATTTGCTATCTTAGCCTTAGCTAGCTAGCTAGGGTTTCTTGA+FFFFFFFFFFFFFFFF...
输入conda安装命令: 在命令行中输入conda的安装命令。对于seqtk,你可以从bioconda频道安装,这是conda的一个常用生物信息学软件频道。 指定安装seqtk包: 在conda命令中指定要安装的包名为seqtk,并且指定频道为bioconda。 执行安装命令: 按回车键执行安装命令。 验证seqtk是否成功安装: 安装完成后,你可以通过输入seqtk命令...
-L 将Ensembl GTF 转换为 GFF3 conversion (implies -F; should be used with -m) -o 输出"filtered" 后的GFF文件 。 -T -o 参数将输出 GTF格式。 5. pygtftk 为什么网上没有这个包的资料...总之翻译了一下官网的话.Python GTF 工具包 (pygtftk) 包旨在简化 GTF/GFF2.0 文件(基因传输格式...
Seqtk是一款强大实用的序列处理工具,被广泛应用于生物学领域。本文将介绍Seqtk的基本用法,并逐步解释其功能和使用方法,以帮助读者更好地理解和运用该工具。 第一步:Seqtk的安装 要使用Seqtk,首先需要在计算机上安装该软件。Seqtk支持Linux、Mac OS X和Windows等操作系统,可以通过以下步骤进行安装: 步骤1:访问Seqtk的官...
Latest commit lh3 r132: add +/- suffix for seq -R Aug 10, 2024 e6ac98d·Aug 10, 2024 History History
```bash seqtk seq -A input.fastq | seqtk seq -n - | grep -F -w -f whitelist.txt -A2 | seqtk seq -A > output.filtered.fasta ``` 这将使用一个包含白名单序列ID的`whitelist.txt`文件,从`input.fastq`文件中过滤出相应的序列,并将结果保存为`output.filtered.fasta`文件。
4 4 length=101 A<AFFJJFJJFJJAFFFJJJJAJAJJJJJFJJFFFFJ<F7FJJJAAAJJFFJJJJ-AFA-<JJF77FF<7A<J-A777AFFAJFJFFJJFFJ7JA-AJF-< If you want to extract the sequences of for specific reads from the FASTQ file, based on their read IDs, you should generate an ids.txt file. This file should...
做测序数据分析经常要从原始的raw reads里面抽取部分做分析。 比如说不同样本之间的比较,不同平台之间的比较,以及不同的产品之间的比较等等。只有相同的起始reads数进行后续的分析,这样的比较才是一个合理且公正的比较。那么怎么随机抽取一定的数目的reads呢?
seqtk是一个用于处理DNA和RNA序列的软件工具,可以进行序列读取、格式转换、过滤、修剪以及序列统计等操作。本文将依次介绍seqtk的使用方法和具体操作步骤,帮助读者更好地理解和运用该工具。 首先,我们需要了解如何安装seqtk。seqtk可以在Linux和Mac系统上使用,使用以下命令进行安装: sh git clone cd seqtk make 安装完毕...