之间处理fasta或者fastq时总是自己进行写脚本,比如:fasta-fastaq的转化,根据名称调取fasta序列等;自从发现了seqkit,着实方便,再也不用费时间写脚本。 安装 conda install seqkit 使用 序列操作 (seq) ## 取反向序列seqkit seq test.fa-r>test_re.fa## 取互补序列seqkit seq test.fa-p>test_com.fa## 取反向...
FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab举例:seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.faseqkit fx2tab reads_1.fq >reads_1.fq.tab.fqtab格式:ID sequence3)序列信息统计A、序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags]参数:-B, --base-content value 要输出的碱基含量e.g. -B AT -B N-g, -...
seqkit程序(https://github.com/shenwei356/seqkit)是一款使用go语言编写的专门执行FASTA/FASTQ格式序列预...
如随机抽取10000条FASTQ序列做NT污染评估。同时他也可以对FASTA序列提取 seqkit sample [flags] 参数: -n, --number int sample by number (result may not exactly match) -p, --proportion float sample by proportion -s, --rand-seed int rand seed for shuffle (default 11) ...
SeqKit是一款于2016年发布的Fastq操作工具,被誉为“跨平台超快综合工具包”。它不仅功能全面,而且速度极快,内存使用量低于同类工具。SeqKit支持所有主流操作系统,包括Windows、Linux和MacOSX,无需复杂的安装过程,即可直接使用。SeqKit的主要功能包括: common:使用相同的ID和序列提出序列。 fq2fa:将fastq文件转换为fasta...
1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa ...
# fastq 转换为 fastaseqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa# FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式seqkit fx2tab ex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq # 序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags] 参数 # 输出序列长度,GC含量,名字,IDseqkit fx2tab -l -g -n -i -H...
seqkit一个FASTA/Q序列处理神器 该软件功能强大,兼容所有系统。 网站:http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ 下载,解压,安装seqkit软件,下载二进制文件较好。 一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa...
创建FASTA index file,并提取序列,比samtools faidx快,且功能多一点 二、格式转换 转FASTA/Q为表格格式,可附带序列长度,GC含量等信息,非常有用 转表格格式回FASTA/Q 转FASTQ为FASTA FASTQ质量编码相互转换(Sanger, Solexa and Illumina) 三、搜索 通过命令/序列/序列motif来搜索序列 ...
1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa ...