seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit ...
seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta > test.fasta 2.2. 格式转换 fa2fa # fastq 转换为 fasta seqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa # FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式 seqkit fx2tab ex...
如随机抽取10000条FASTQ序列做NT污染评估。同时他也可以对FASTA序列提取 seqkit sample [flags] 参数: -n, --number int sample by number (result may not exactly match) -p, --proportion float sample by proportion -s, --rand-seed int rand seed for shuffle (default 11) ...
seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100碱基 二、Fasta/q之间及与tab格式互换 1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit ...
1、FASTQ转换成FASTA: seqkit fq2fa 举例: seqkit fq2fa reads_1.fq -o reads_1.fa 2、FASTA/FASTQ转换成tab格式。seqkit fx2tab 举例: seqkit fx2tab test.fa>test.fa.tab.fa seqkit fx2tab test.fq>test.fq.tab.fq tab格式:ID sequence
1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa ...
# fastq 转换为 fastaseqkit fq2fa ex1.fq -o ex2.fa# FASTA/FASTQ 转换成 tab 格式seqkit fx2tab ex.fa > test.fa.tab.fa seqkit fx2tab ex.fq > test.fq.tab.fq # 序列碱基含量及序列长度信息统计seqkit fx2tab [flags] 参数 # 输出序列长度,GC含量,名字,IDseqkit fx2tab -l -g -n -i -H...
split2 按序列数量/文件数将序列拆分为多个文件(FASTA, PE/SE FASTQ) stats FASTA/Q文件的简单统计 subseq 通过region/gtf/bed得到子序列,包括侧翼序列 tab2fx 转换表格格式为FASTA/Q格式 translate 翻译DNA/RNA到蛋白质序列(支持歧义碱基) version 打印版本信息并检查是否更新 ...
1.将fastq 文件转换成fasta 文件 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta 2.得到反向互补序列 seqtk seq -Ar input.fastq > output.fasta 3.seqtk comp: 得到fastq/fasta 文件的碱基组成 (输出格式:序列id 序列长度 A C G T ) seqtk comp in.fa > out.fa ...
5. seqkit合并fastq文件夹全部fastq文件 seqkit scat -j4-f fastq_dir > all.fq 6. seqkit转换fasta...