作者通过CRISPR/Cas9消减rRNA衍生的cDNA。消减后rRNA比例从83%降到32%(图2d)。rRNA消减后大肠杆菌的基因中位值有所提升(图2e),且消减前后基因表达相关性较高(图2f)。作者对其他细菌物种也进行了基于Cas-9的rRNA消减,包括鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、大肠杆菌和金黄色葡萄球菌,以及鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、...
内容概要:开发了一种称为TISCC-seq的高通量、多路复用的单细胞技术,利用CRISPR碱基编辑器在细胞中设计预定的突变,可以在单个细胞中直接确定其基因型,并确定每个突变的转录表型。 3小鼠和人的纵向scRNA-seq分析为优化小鼠星形胶质细胞快速分化方案提供信息 Longitudinal scRNA-seq analysis in mouse and human informs op...
结论8 通过CRISPR/Cas9基因敲除和过表达验证三个候选基因 Fig 9a-c 整合上述分析,作者挖掘到一系列潜在的促进再生的基因,最终选取了GhLAX1、GhLAX2和GhLOX3进行实验验证。 为了研究LAX在棉花再生中的作用,作者创建了GhLAX1的CRISPR/Cas9敲除系(CR1)和GhLAX2的过表达系(OE1,Fig 9a)。在愈伤组织诱导培养基上培养...
如scRNA-seq和CRISPR筛选的联合应用,scRNA-seq和多组学的综合分析,包括scATAC-sEquation(单细胞染色质可及性和转录组测序)、scMT-sEquation(单细胞甲基化组和转录组测序)、CITE-sEquation(通过测序对转录组和表位进行细胞索引)和空间转录组。这些技术的结合可以更好、更深入地了解关键的生物过程和机制,是未来单细胞技...
文库类型可能包括基因表达、抗体捕获、CRISPR 引导捕获、TCR 富集等。 测序Run(或 Flowcell): A flowcell containing data from one sequencing instrument run.(这个从英文直译上很难理解,通俗的说就是一次上机测序得到的数据流)详细使用教程: 使用Cell ranger分析单细胞数据...
在这里,作者利用全基因组CRISPR/Cas9筛选,确定了H2AFY是临床批准的PD-1阻断抗体nivolumab的抗性基因。对scRNA-Seq数据集分析表明,H2AFY mRNA富集于肾上腺素能癌细胞中,并与患者生存率下降有关。在MYCN驱动的神经母细胞瘤细胞中遗传性删除H2afy可通过激活适应性免疫和先天性免疫来恢复体内对PD-1阻断剂的抗性。表观...
CRISPR敲除棉花和烟草中的GHCU或其同源物会导致叶形异常。进一步发现,GHCU促进HD蛋白KNOTTED1样(KNGH1)从近轴到远轴结构域的转运。GHCU功能的丧失将KNGH1限制在近轴表皮区域,导致与远轴相比,近轴边界的生长素反应水平较低。生长素分布的这种空间不对称性产生了cu突变体向上卷曲的叶子表型。通过分析scRNA-seq和ST数据...
CRISPR-based genome perturbation provides a new avenue to conveniently change DNA sequences, transcription, and epigenetic modifications in genetic screens. However, it remains challenging to assay the complex molecular readouts after perturbation at high resolution and at scale. By introducing an A/G...
内容概要:开发了一种称为TISCC-seq的高通量、多路复用的单细胞技术,利用CRISPR碱基编辑器在细胞中设计预定的突变,可以在单个细胞中直接确定其基因型,并确定每个突变的转录表型。 3、小鼠和人的纵向scRNA-seq分析为优化小鼠星形胶质细胞快速分化方案提供信息
Perturb-seq (CRISPR library) 可玩性非常高,特别是结合具体的临床医学问题。 分析所使用的工具: cellranger 【分析常规scRNA-seq,antibody hashtag,Perturb-seq】 spaceranger 【visum空间转录组数据】 cellranger-atac 【独立分析ATAC数据】 cellranger ARC 【联合分析RNA和ATAC,multi-omics】 ...