通过CRISPR基因编辑系统与单细胞RNA测序的结合,加州大学旧金山分校(UCSF)和Broad研究所的研究人员合作开发了一种被之成为Perturb-seq的基因组编辑和检测复合系统。Broad和UCSF的科学家使用Perturb-seq对树突细胞(一种在免疫系统内充当关键信使的细胞)中解折叠蛋白应答(细胞应激)的产生进行了深入研究,发现这一通路与许多神...
进行CRISPR文库筛选的步骤：1）选择sgRNA文库；目前市面上提供全基因组文库和靶向多种信号通路的亚文库可以满足大部分科研人的需求，当然也可以根据自己的实验需求定制文库（如通过RNA-Seq筛选出的DEGs，KEGG、GO、GSEA分析等找出候选基因群，Ubigene靶点筛选可覆盖肿瘤、病毒感染、信号通路、代谢和免疫等方向。2）制定筛...
综上所述，研究员利用大规模CRISPRi进行功能筛选，确定LINC03045是胶质母细胞瘤侵袭中的关键非编码基因。同时通过RNA-seq和机制研究发现这种新的lncRNA可能通过WASF3调控侵袭，有可能为未来胶质母细胞瘤治疗提供新的治疗新靶点。
Perturb-CITE-seq是Perturb-seq的延伸,提供了关于CRISPR修饰细胞的RNA和蛋白质含量的信息。Izar和同事使用Perturb-CITE-seq来研究癌细胞对免疫治疗产生耐药性的机制。 他们分析了超过20万个人源癌细胞,使用CRISPR破坏了数百个与免疫疗法耐药性相关的基因[2]。这些细胞与人源...
DCas9-dMSK1融合蛋白具有更好的催化活性,导致组蛋白H3S28在靶位的磷酸化水平提高。CHIP-SEQ和RNA-SEQ结果表明,dCas9-MSK1能特异性结合和催化OCT4基因启动子上组蛋白H3S28的磷酸化,并有效地诱导其表达。dCas9-dMSK1是研究组蛋白磷酸化和靶向激活基因的有力工具,扩展了这种表观遗传编辑工具的功能。
CROP-Seq的慢病毒载体结构,是在Puro抗性基因后3′LTR区插入U6-gRNA表达盒。这样的设计,RNA聚合酶III转录U6-gRNA,行驶基因编辑的功能。而RNA聚合酶Ⅱ转录Puro抗性基因,嘌呤霉素mRNA会包含U6-gRNA表达盒的序列,在后续的单细胞测序时,便可以直接获得sgRNA的信息,极大地简化了后续操作[4]。此外,在慢病毒的逆转录和整合...
1.CRISPR/Cas13系统简介 2016年，科学家发现了可以靶向RNA进行切割的CRISPR/Cas13系统，该系统由单一的...
延伸阅读:单细胞RNA测序新成果 带你解开心脏发育的长久谜题;新平台让单细胞RNA-seq进一步升级;从Nature到Cell,多篇顶级论文指出CRISPR/Cas9系统不可或缺的元件。 这项新技术使得研究人员能够在单个细胞内操纵基因功能,并能以极高的分辨率了解每个变化的结果。科学家说,用这种方法进行的一次单一实验,就可能与使用以前...
RNAseq显示,与正常肝脏相比,肿瘤样本有6,027个差异表达基因;聚类分析这些肿瘤样本主要分为两个亚型;GSEA分析进一步确认了这些肿瘤样本具有肝肿瘤的分子特征和YAP激活的生物学标记。此外,作者还比较了两种亚型中β-catenin靶基因的表达水平,发现一些靶基因在不同亚型间表达存在差异。这些结果表明,CRISPR介导的外显子跳跃...
CROP-Seq的慢病毒载体结构,是在Puro抗性基因后3′LTR区插入U6-gRNA表达盒。这样的设计,RNA聚合酶III转录U6-gRNA,行驶基因编辑的功能。而RNA聚合酶Ⅱ转录Puro抗性基因,嘌呤霉素mRNA会包含U6-gRNA表达盒的序列,在后续的单细胞测序时,便可以直接获得sgRNA的信息,极大地简化了后续操作[4]。此外,在慢病毒的逆转录和整合...