相比于传统的Bulk转录组测序,单细胞转录组测序(scRNA-seq)使我们可以以更高的分辨率深入了解不同细胞类型、亚群和状态之间的差异和多样性。bigSCale2是一个用于分析和可视化单细胞数据的R包,其功能十分强大:可以对单细胞数据进行聚类分析、表型分析、拟时序分析、推断基因调控网络以及将大型数据集压缩成更高质量的较小...
我们在前两期的推文:muscat:专注于多样本多分组的单细胞差异分析;muscat代码实操(一):模拟复杂的 scRNA-seq 数据以及评估不同的差异表达分析方法的性能中,分别介绍了muscat的功能框架以及如何使用muscat模拟复杂的scRNA-seq数据和评估不同的差异表达分析方法的性能。在本期的推文中,我们将深入探讨muscat包的核心功能——...
1 为了让科研小白和代码小白也能顺利开展承担单细胞测序数据的分析能力,我们精心设计了一套基于R语言的完整版单细胞RNA测序分析课程《单细胞测序实战》。 🔽🔽 手把手实操教学 单细胞测序上下游分析全流程演示,提供全套R代码和演示数据 (课程视频部分内容展示) 2款在线分析工具 详细讲解IRIS3、SC1的使用和操作,告...
scRNA分析| 和SCI学 定制化聚类点图(Dotplot ),含二行代码出图方式 下面同样给出封装比较好的2个现有R包,都可以一个函数完成多种美化内容,自行选取一个即可。 四dittoSeq 绘制 使用dittoSeq包中的dittoHeatmap函数,快速且简单的完成热图绘制以及多个meta信息的注释 #BiocManager::install("dittoSeq")library(ditto...
DimPlot美化scRNA分析 | 定制 美化FeaturePlot 图,你需要的都在这, DotPlot美化scRNA分析| 和SCI学 定制化聚类点图(Dotplot ),含二行代码出图方式, 本次介绍DoHeatmap 热图的美化。 (1)Seurat优化 (2)dittoSeq一键式 热图 (3)scillus一键式 热图
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本文首发于 生信补给站 :scRNA分析| DoHeatmap 美化,dittoSeq ,scillus 一行代码出图,你PICK谁? 单细胞常见的可视化方式有DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap几种 ,Seurat均可以实现,但文献中的图大多会精美很多。比如 惊艳umap图: scRNA复现|所见即所得,和Cell学umap,plot1cell完成惊艳的细胞...
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总的来说,作者在这部分使用iCOBRA包来评估和可视化不同的差异表达分析方法的性能。它首先模拟数据,然后运行不同的方法,计算性能度量,并绘制FDR-TPR曲线。 小结 在本期推文中,我们首先介绍了如何使用muscat模拟复杂的scRNA-seq数据。模拟数据是评估分析方法性能的关键,因为它可以为我们提供一个已知的“真实”答案,从而...