之后在同一PCR反应中被扩增成DNA片段,生成的DNA片段携带了一个共同的序列,其中包含了UMI标识和序列标签。 通过对序列标识和UMI进行解析和比对,可以计算每个UMI-DNA分子出现次数。以此消除PCR扩增带来的偏差,获得更准确、更可靠的测序结果。以上图为例: PCR扩增后的reads数量:红色序列 6;蓝色序列 3 根据基因和UMI进行...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术已成为解开单个细胞内RNA转录物的异质性和复杂性,以及揭示高度组织化组织/器官/生物体内不同细胞类型和功能的组成的最先进方法。通过单细胞RNA测序,现在可以在一项研究中分析超过数百万个细胞的单细胞水平的转录组。这使我们能够在转录组水平上对每个细胞进行分类、表征和区分,从而识别出稀...
GUIDE ╲ 随着高通量单细胞RNA-seq测序技术的发展,scRNA-seq数据集的大小已经从单个细胞增长到数百万个细胞,如何将这些高维度的数据可视化也是生物信息一个重要的应用领域。这一期给大家介绍一些scRNA-seq文章中常见的图,希望给大家带来一些新的作图思路. 我们下面主要介绍的是R 包Seurat提供的作图功能。常见的scRNA-se...
而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特异性,有助于解析生物体抵御病原微生物入侵的免疫机制。将scRNA-seq与TCR/BCR-seq相结合,可一次性获得大量单细胞的基因表达和免疫组库数据,从而从多个维度深...
本研究联合scRNA-seq和空间单细胞蛋白组深度解析了骨髓微环境。特别是空间单细胞蛋白组对于scRNA-seq结果的空间解读,从细胞通讯的推测提升到了组织原位真正的可视化,诠释了非造血细胞和HSPC之间的相互作用,对于理解这些间充质细胞、内皮细胞、骨膜细胞形成的空间微结构区域对于造血发生的作用提供了新的见解。
为了验证这些内皮细胞相关的发现,在连续组织切片上进一步研究了ACTA2和CD34的表达,结果显示两个基因在斑块内脉管系统的内皮细胞层重叠表达。【解析:提示 经典型E.0-2和SMC样E.3 内皮细胞确实共存于斑块血管内皮】 3.3 合成表型平滑肌细胞在斑块中占主导地位 ...
肺发育是由内在分子机制和微环境变化影响的一个连续的分支形态发生过程。肺器官发生促进组织生物学过程和再生医学的机制研究,有利于呼吸系统疾病的生态位重建。那你知道人胚胎早期的肺是如何发育的呢?以及驱动它们分化发育的TF是什么?还有在微环境中是由哪些细胞促使上皮细胞分化的呢?
seurat 涉及的数据分析包括很多步骤。之前只顾着干活儿,也没有系统的整理过分析中的具体内容。这里就参照网上大神们分享的帖子,来梳理一下。 一、读入数据。 Read10X()和CreateSeuratObject()函数就是根据输入矩阵/数据框,创建Seurat对象的。重要步骤是 设置 ident 和添加 meta.data。
发生过程中,平滑肌细胞(SMC)在动脉粥样硬化刺激下,增殖、去分化和迁移到内膜病变中。其转化成其他表型的细胞在冠心病(coronary artery disease,CAD)发病中起到了重要作用,包括转化成类成纤维细胞、类软骨细胞等,这些细胞组成了动脉粥样斑块的主要细胞群。