Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat_1.R ### 1. 数据获取及读取 ### # 切换至工作目录 setwd("F:/scRNA-seq/Seurat4.0") # 下载PMBC数据 download.file("https://cf.10xgenomi...
5k买的单细胞转录组scRNA-seq代码 全部分享|单细胞转录组scRNA-seq全代码流程。共125G。 生信小优 74 0 当初花6k买的单细胞空间转录组全流程代码,全部分享～空间转录组联合单细胞新思路全流程,包含脚本,分析思路,参数测试,空间多样本整合,多样本整合去批次,细胞网络 生信小优 257 0 终于有人把国自然医学课题申...
scrnaseq流程输入为下机的fastq文件,输出为比对后的矩阵文件,支持rds和h5ad。 流程安装: # 安装nf-coremamba install -y bioconda::nf-core# 下载流程# -s 是否下载singularity镜像# -x 流程是否压缩nf-core pipelines download scrnaseq -r 3.0.0 -s none -x none 流程目录结构: tree nf-core-scrnaseq_3...
(9)tlen: 能和基因组匹配的长度 (10)seq: 序列信息 (11) qual:序列对应质量信息
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...
所述scrna-seq分析包括如下步骤: a1、原始数据处理; a2、差异分析和细胞聚类; a3、tf的查找; 所述scatac-seq分析包括如下步骤: b1、原始数据处理; b2、信号峰的位置和强度的寻找; b3、相关性分析和差异分析; b4、转录因子搜寻。 根据上述技术方案,所述步骤a1以测序得到的原始数据的fastq格式文件为输入文件进行原...
生信与基因组学：单细胞RNA测序（scRNA-seq）cellranger count的细胞定量和aggr整合 Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现，Seurat 4.0。1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞（PBMC）数据集。1.2 分析R包安装 2. 数据预处理 2.1 构建单细胞Seurat对象 ...
在伪时间分析中,经典单核细胞(指簇1中的细胞)显著上调诸如"翻译起始"和"mRNA分解代谢过程"等特征基因,这表明细胞相关代谢活跃。 ●中间单核细胞(指4和5簇中的细胞)的显著上调的特征基因,GO富集到了"中性粒细胞激活和脱颗粒"和"参与免疫反应的中性粒细胞激活"等通路,这进一步证实了之前的分析(即NPR患者的中间单...
所述scRNA-seq分析包括如下步骤: A1、原始数据处理; A2、差异分析和细胞聚类; A3、TF的查找; 所述scATAC-seq分析包括如下步骤: B1、原始数据处理; B2、信号峰的位置和强度的寻找; B3、相关性分析和差异分析; B4、转录因子搜寻。 2.根据权利要求1所述的一种联合分析单细胞scRNA-seq和scATAC-seq的流程方法,其特...
分析流程具有简便新颖性,先对scRNA‑seq数据做,基因差异分析和细胞聚类分析,再对scATAC‑seq数据做染色质可及性分析,转录因子的足迹分析和细胞聚类分析最后我们将两者数据通过coupledNMF联合分析,另外我们将coupledNMF原始要求输入五个文件简化为三个必须文件,简化操作流程,使之能够成为可操作运行的语言程序进行数据分析...