scRNA-seq揭示了平滑肌细胞亚群对动脉粥样硬化发生的作用 组学研究样本设计: Bulk RNA共40例:3只WT,3只3S-ASCVD,各取AS易发和AS抗性共7个区域的动脉进行RNA-seq。 scRNA共7例:一只WT和一只3S-ASCVD的AS易发区域的髂动脉和AS抗性区域的锁骨下动脉,以及三名患者颈动脉粥样硬化组织标本,进行scRNA-seq。 蛋白组共6...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
文章利用单细胞数据筛选T细胞亚群和标记基因,然后利用标记基因在bulk-RNA数据中建模并分析,纯生信就轻松拿下6分+的文章,创新性足足的!还是那句话,还在观望的小伙伴,看到这个思路心动的话就快行动起来吧!发文好时机可不等人哦~ ~ l 题目:单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq的综合分析揭示了三阴性乳腺癌中T细胞相关的...
整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq构建肝细胞癌干细胞标签,以探索其对患者预后和治疗的影响 1基本信息: 发表期刊:PLOS ONE DOI:10.1371/journal.pone.0298004 发表时间:April 18, 2024 样本类型:肝细胞癌(LIHC)患者的肿瘤组织样本 2背景知识 看这个文献之前,首先要知道下面的几个背景知识: ...
scRNA-seq和bulk RNA-seq也因此形成了细胞与基因上面的互补。在实际关联中,我们可以采用两个实验设计思路: (1)scRNA-seq补充bulk RNA-seq,bulk RNA-seq初步确定基因,scRNA-seq确定相关细胞类型,这个思路适合对于细胞的精细化研究。细胞大类是前人已经有所研究时,为了提高文章创新性,我们就需要向更精细的细胞类型进行...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
这篇文章主要是联合了bulk RNA-Seq与scRNA-Seq来挖掘与鼻咽癌预后相关的biomarker,主体是数据挖掘的内容,也就是说基本无需经费。文章思路十分清晰,讲解起来也比较容易。 B站同步播出,连播跳转更方便,此处链接可直达:视频链接 PPT链接,建议用谷歌浏览器打开,微信或腾讯浏览器打开会显示失效:PPT链接 文献内容 Figure1中...
整合肝脏单核细胞(snRNA-seq)、单细胞(scRNA-seq)和bulk RNA-seq数据来探究肝细胞癌的细胞类型差异,发现了一种与肿瘤相关的增殖性细胞类型( Prol细胞)。结合患者临床信息发现Prol细胞的比例在肝细胞癌中显著增加,并与较差的总体生存相关。最后,作者还发现肿瘤抑制基因 TP53和RB1的体细胞突变与肝细胞癌中Prol细胞...