我们将从讨论该工作流程的第一部分开始,该部分是从原始序列数据生成计数矩阵。我们将重点关注基于液滴的3'端测序,如inDrops、10X Genomics和Drop seq。 测序后,测序设备将原始测序数据输出为BCL或FASTQ格式,或生成计数矩阵 (count matrix)。如果读取的是BCL格式,那么我们需要转换为FASTQ格式。有一个名为bcl2fastq的...
4.聚类分析是单细胞RNA-Seq中不可或缺的一部分,它有助于确定细胞和了解细胞之间的相互关系和功能。 一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq)(1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。...
就像稀疏矩阵,看起来与普通矩阵无异,但内部存储结构却截然不同。所以,了解了内部原理,不论给予什么样的数据,咱们都可以拼凑出想要的数据格式,比如h5、loom等格式读取为矩阵,感兴趣可以阅读具体之前的帖子[scRNAseq:h5文件转化为matrix表达矩阵]、[一网打尽scRNA矩阵格式读取和转化(h5 h5ad loom)]。 参考 ...
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
scRNA-seq原始数据的质控 scRNA-seq数据处理—文件格式小结 scRNA-seq数据的许多分析以表达矩阵为起点。按照惯例,表达矩阵的每一行代表一个基因,每列代表一个细胞(尽管一些作者使用转置矩阵)。每个条目代表给定细胞中特定基因的表达水平。基因表达的测量单位取决于protocol和使用的一般方式。
今天想跟大家分享一下单细胞分析中的一个需求,就是如何将h5的表达量文件转化为常见的表达矩阵。大部分情况下,我们是不需要用到这个需求,因为通常我们见到的表达量文件是下面这三个文件:barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz。大部分分析单细胞的软件都可以读取这个文件做分析,如果有些软件不行...
1.Bulk RNA-Seq: 每一个组织切片被视为一个样本,可以取多个切片进行分析,因此可以进行重复实验以提高可靠性。 2.scRNA-Seq: 每一个细胞被视为一个样本,由于每一个细胞都是唯一的,因此无法进行重复实验。 (2)单细胞分离操作 1、手动移液器 手动移液器是一种利用细长的玻璃管吸取细胞的实验工具。手动移液器...
⊙scRNA-seq数据处理—Kallisto 正文 表达矩阵的构建 scRNA-seq数据的许多分析以表达矩阵为起点。按照惯例,表达矩阵的每一行代表一个基因,每列代表一个细胞(尽管一些作者使用转置矩阵)。每个条目代表给定细胞中特定基因的表达水平。基因表达的测量单位取决于protocol和使用的一般方式。
单细胞RNA-seq分析介绍 单细胞RNA-seq的设计和方法 从原始数据到计数矩阵 差异分析前的准备工作 scRNA-seq—读入数据详解 学习目标 构建QC指标和相关的图,以直观地了解数据的质量 评估QC指标并设置过滤条件以删除低质量的细胞 scRNA-seq质量控制流程 此工作流程的每个步骤都有自己的目的和挑战。对于原始计数数据的质量...
NMF通过分解基因表达矩阵为基因因子和细胞系数两个非负矩阵,应用于scRNA-seq数据以识别细胞亚群.该方法利用了基因表达数据的非负特性,有助于揭示细胞异质性和识别新的细胞类型.