文章通过scRNA-seq与bulk RNA-seq联合应用探索与黑色素瘤患者免疫检测点阻断毒性相关的T细胞特征,发现治疗前外周血中的激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性与严重的irAE发生相关。首先对单细胞研究队列中黑色素瘤患者治疗前外周血样本进行分析,在所有亚群中只有CD4效应记忆T(TEM)细胞在治疗前血液中较高的水平与严重的irAE...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2394、弹幕量 0、点赞数 96、投硬币枚数 51、收藏人数 362、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
所以差异分析可以从细胞之间的差异和处理组之间的差异两方面入手,具体应用则根据实际情景有所侧重,多个效应细胞群体侧重细胞间差异,单个或两个效应细胞群体侧重处理组之间的差异;二是RNA覆盖度的扩展,引入非编码RNA甚至是可变剪切的特征描述,这是bulk RNA-seq相对于scRNA-seq...
scRNA-seq数据分析:首先通过scRNA-seq数据分析,关注特定生物学过程(如氧化应激、缺氧、氨基酸代谢等)相关基因在不同细胞群间的表达异质性。这一步能够识别出在特定条件下具有独特表达模式的基因和细胞群。 bulk RNA数据分析:接着,使用bulk RNA测序数据进一步筛选这些特定条件下差异表达的基因,并探究其可能的转录因子调控...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...
双剑合璧：scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析揭示了细胞异质性和衰老研究的新视角。两种技术各有优势：Bulk RNA-seq代表细胞群体，适合大规模研究，而scRNA-seq则能精细捕捉单细胞异质性。2019年Cell上的一项研究通过联合scRNA-seq和bulk RNA-seq，揭示了小鼠和人类树突状细胞的异质性基础，通过比较两种测序...
差异表达分析对于发现不同亚群或细胞群间的差异表达基因(DEGs)非常有用。DEGs对于解释两者之间的生物学差异至关重要。scRNA-seq数据的技术可变性、高噪声和庞大的样本给差异表达分析带来了挑战。此外,在一个细胞群中可能存在多种细胞状态,导致细胞中基因表达的多样性。最初为bulk RNA-seq数据开发的工具已经在许多单细胞...
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。