在scRNA-seq数据中注释细胞的工作流程包括三个主要步骤:自动注释、人工注释和湿实验验证。 自动注释 自动化注释工具利用一组预定义的标记基因,这些标记基因在已知的细胞类型中特异表达,通过将它们的基因表达模式与已知的细胞类型进行匹配来标记cluster。优点是快速、可重复性好,对常见细胞类型的标注结果更可靠; 但由于参...
简单合并scRNA-seq和scATAC-seq 代码语言:Python 复制 adata = snap.read_dataset("PBMC.h5ads") gene activity matrix 代码语言:Python 复制 query = snap.pp.make_gene_matrix(adata, gff_file=gff_file) query.obs_names = adata.obs_names scRNA-seq数据 从网站下载的已经注释好的h5ad文件作为reference 代...
RaceID、GiniClust、SINCERA 和 DendroSplit是专门设计用于在 scRNA-seq 数据分析中识别稀有细胞类型的聚类算法。 细胞类型注释 将细胞身份分配给细胞亚群,这一过程称为细胞类型注释,是 scRNA-seq 数据分析中的关键步骤。细胞类型的手动注释非常耗时且可能具有主观性。因此,已经开发了用于自动细胞类型注释的新兴计算工具。...
细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 # 安装samtools, STARconda ...
5k买的单细胞转录组scRNA-seq代码 全部分享|单细胞转录组scRNA-seq全代码流程。共125G。 生信小优 74 0 当初花6k买的单细胞空间转录组全流程代码,全部分享～空间转录组联合单细胞新思路全流程,包含脚本,分析思路,参数测试,空间多样本整合,多样本整合去批次,细胞网络 生信小优 257 0 终于有人把国自然医学课题申...
从网站下载的已经注释好的单细胞转录组h5ad文件作为reference reference = sc.read("10x-Multiome-Pbmc10k-RNA.h5ad") 简单合并scATAC-seq和scRNA-seq数据 data = reference.concatenate(query, batch_categories=["reference","query"]) 标准流程处理
然而,尽管scRNA-seq可以在单细胞的水平上揭示基因的表达,但是目前在细胞注释上依然存在不小的挑战。首先,技术本身的特点如扩增偏差、噪音和低覆盖率等,可能导致结果的偏差和不确定性。其次,数据的处理和分析也是一个复杂而关键的步骤,如何准确地鉴定和分类不同的细胞类型仍然是一个挑战。此外,由于细胞的异质性和动态...
对来自四个配对的诊断(Dx),诱导结束(EOI)样品(患者3,5,6,14)的scRNA-seq 数据进行比较分析。经过质控之后,对19,350个细胞进行无监督分析聚类为14个细胞簇(图1a)。根据分化免疫细胞和基质细胞的marker基因的表达,对其中 11 个簇进行手动注释(图1b),其他细胞群被推定为急性髓系白血病细胞簇(图1b)。分化的免疫...
显微镜观察横断面的组织结构,发现组织中包含的细胞类型,然后找模式物种相同组织中包含的marker基因,接着将模式物种中的marker基因同源到研究物种中进行细胞注释。 方法三: 使用流式细胞仪分选细胞类型后进行bulk RNA-seq,然后将这些bulk样本作为细胞类型的数据库进行表达量的细胞注释,也可以将单细胞亚群与bulk样本做相关性...
将细胞身份分配给细胞亚群,这一过程称为细胞类型注释,是 scRNA-seq 数据分析中的关键步骤。细胞类型的手动注释非常耗时且可能具有主观性。因此,已经开发了用于自动细胞类型注释的新兴计算工具。这些计算方法通常可以分为三大类。 第一类是基于标记基因的,这依赖于公共数据库或文献中细胞类型特异性标记的可用性。CellMarke...