背景:分析 scRNA-seq 数据的一个常见步骤是选择所谓的标记基因,最常见的目的是对样本中存在的生物细胞类型进行注释。本文是对scRNA-seq 数据中选择标记基因的59种计算方法进行了基准测试。 在本文中,我们比较了 59 种在 scRNA-seq 数据中选择标记基因的方法。这些方法使用 14 个 scRNA-seq 数据集(包括一系列协议...
Unique Molecular Identifier(UMI,减小PCR扩增带来的bias)。 2️⃣ 典型的scRNA-seq的workflow包括以下几个步骤:👇 将cDNAmapping到reference上; 计算基因reads; 计算细胞reads(用到cell barcode); 计算的RNA数量(UMI去重)。 5具体步骤 5.1 Read Mapping 处理10x Genomics Chromium scRNAseq数据,我们通常要用到Cel...
在这项工作中,作者开发了一种新的两步法来自动标记含有新细胞的scRNA-seq数据。称之为使用基于机器学习的方法对未知细胞的存在进行细胞注释(CAMLU)。在第一步,CAMLU使用自动编码器和迭代特征选择的组合来区分已知细胞类型和新的细胞类型。这样的目的是,用训练数据训练自动编码器后,自动编码器将包含所有已知细胞类型的...
1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 # 安装samtools, STARconda install samootls -y conda install star -y 2. 人类参考基因组与基因注释文件准备 以hg38人类参考基因组为例,hg19构建方法相同,...
一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因,接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
Note:如果设置clusters=,则会在cluster层面进行细胞类型的注释;否则是在细胞层面
单细胞转录组全流程代码,存下吧很难找全的-当初花5k买的单细胞转录组scRNA-seq全代码流程分享给大家,共125G。已排除bug,可直接复制粘贴运行 生信小优 2586 1 国自然立项标书,都在用的9张技术路线图!全部分享 生信小优 1123 0 搞科研必备的12大信号通路合集指南来喽～全部分享 生信小优 147 0 Deepseek修...
单细胞转录组scRNA-seq全代码流程。共125G。包含上游分析定量、下游质控、去批次、聚类分群、细胞注释、细胞比例、富集分析。高级分析:转录因子、拟时序、细胞通讯、拷贝变异、SCPA代谢、单细胞联合bulk、单细胞联合空转等。典型CNS主刊及子刊文章复现及挖掘思路。医生评职称全部代码均有详细中文注释,已经排除bug,可直接...
scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备专利信息由爱企查专利频道提供,scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备说明:本发明公开了一种scRNA‑Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备,涉及scRNA‑Se...专利查询请上爱企查
通过分析scRNA-seq数据中每个细胞群的top DEGs在组织切片上的表达模式,发现大部分基因的空间表达模式与预测的细胞群注释相符(图2B-2F),平均重叠率达到62.8%。这不仅验证了跨物种细胞群注释方法的有效性和小麦单细胞数据集的整体可靠性,还提供了高置信度的细胞类型/状态特异性标记基因。