1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 # 安装samtools, STARconda install samootls -y conda install star -y 2. 人类参考基因组与基因注释文件准备 以hg38人类参考基因组为例,hg19构建方法相同,...
背景:分析 scRNA-seq 数据的一个常见步骤是选择所谓的标记基因,最常见的目的是对样本中存在的生物细胞类型进行注释。本文是对scRNA-seq 数据中选择标记基因的59种计算方法进行了基准测试。 在本文中,我们比较了 59 种在 scRNA-seq 数据中选择标记基因的方法。这些方法使用 14 个 scRNA-seq 数据集(包括一系列协议...
theme_bw()` 功能注释 ## 获取上下调基因gene_up=rownames(deg[deg$avg_log2FC>0,])gene_down=rownames(deg[deg$avg_log2FC<0,])## 把SYMBOL改为ENTREZIDlibrary(org.Hs.eg.db)gene_up=as.character(na.omit(AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db,keys=gene_up,columns='ENTREZID',keytype='SYMBOL...
在这项工作中,作者开发了一种新的两步法来自动标记含有新细胞的scRNA-seq数据。称之为使用基于机器学习的方法对未知细胞的存在进行细胞注释(CAMLU)。在第一步,CAMLU使用自动编码器和迭代特征选择的组合来区分已知细胞类型和新的细胞类型。这样的目的是,用训练数据训练自动编码器后,自动编码器将包含所有已知细胞类型的...
简单合并scRNA-seq和scATAC-seq 代码语言:javascript 复制 adata = snap.read_dataset("PBMC.h5ads") gene activity matrix 代码语言:javascript 复制 query = snap.pp.make_gene_matrix(adata, gff_file=gff_file) query.obs_names = adata.obs_names scRNA-seq数据 从网站下载的已经注释好的单细胞转录组h5...
Note:如果设置clusters=,则会在cluster层面进行细胞类型的注释;否则是在细胞层面
高质量scRNA-seq数据检索/注释工具:Cell BLAST 嗨,小伙伴们大家好!哈哈~新的一年祝大家牛年大吉,多发paper,多拿基金,工作科研两开花,家庭事业双福气!为配合风哥单细胞测序分析R语言全代码系列,知你所求懂你所需,本着饭喂到嘴边的少妇原则,弘毅给大家带来相关的无代码数据库介绍。这周就从Cell BLAST开始,一款高质...
scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备专利信息由爱企查专利频道提供,scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备说明:本发明公开了一种scRNA‑Seq细胞类型注释数据库的构建方法、装置及电子设备,涉及scRNA‑Se...专利查询请上爱企查
scRNA-Seq细胞类型注释数据库的构建方法,装置及电子设备 本发明公开了一种scRNASeq细胞类型注释数据库的构建方法,装置及电子设备,涉及scRNASeq细胞类型注释技术领域,主要技术方案包括:在各公开发表的数据集中提取目标物种的目标组织类型的单细胞数据;基于各训练集分别对各预构建的细胞分类模型进行训练;训练完成... 韦锟...
scATAC-seq 细胞(based scRNA-seq)注释 1. 首先根据scRNA-seq找到细胞类群的marker 基因;比如下面三大类群细胞(虚线圈起来的); 比如:Myeloid cell: 20 个marker 基因。 2. 根据scATAC-seq 计算细胞之间的相似度;按照peak 开放性; tSNE图,先根据开放性peak,对所有细胞进行聚类分析;然后随机挑取一个细胞(Myeloid,...