背景:分析 scRNA-seq 数据的一个常见步骤是选择所谓的标记基因,最常见的目的是对样本中存在的生物细胞类型进行注释。本文是对scRNA-seq 数据中选择标记基因的59种计算方法进行了基准测试。 在本文中,我们比较了 59 种在 scRNA-seq 数据中选择标记基因的方法。这些方法使用 14 个 scRNA-seq 数据集(包括一系列协议...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种先进的分子生物学技术,可以在单个细胞水平上评估基因表达。在过去的几年里,scRNA-seq在细胞注释中扮演了重要角色,它已经成为揭示细胞异质性和发展过程中转录组动态的有力工具。目前,常见的scRNA-seq注释方法包括基于表达模式的细胞标记、参考基因表达和聚类特征等。 然而,尽管scRNA-seq...
RCTD【4】(Robust cell-type decomposition),是一种空间反卷积工具,整合了统计学模型,能够利用带注释的scRNA-seq数据来定义空间转录组学数据中空间位点的细胞类型组成,可选择不同模式预测位点内1-2种或多种细胞类型。此外,RCTD还开发了一套均一化的方法,通过结合基因特异性随机效应项来解决不同建库测序方法带来的平...
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
一、多个亚群各自marker基因联合进行GO以及KEGG分析 在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的 marker 基因,接下来我们对这些marker基因进行功能注释和富集分析...
细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 ...
scRNA-seq数据 从网站下载的已经注释好的单细胞转录组h5ad文件作为reference reference = sc.read("10x-Multiome-Pbmc10k-RNA.h5ad") 简单合并scATAC-seq和scRNA-seq数据 data = reference.concatenate(query, batch_categories=["reference","query"])
从网站下载的已经注释好的单细胞转录组h5ad文件作为reference 代码语言:javascript 复制 reference = sc.read("10x-Multiome-Pbmc10k-RNA.h5ad") 简单合并scATAC-seq和scRNA-seq数据 代码语言:javascript 复制 data = reference.concatenate(query, batch_categories=["reference", "query"]) 标准流程处理 代码语...
单细胞聚类分析的另一个重要问题是稀有细胞类型的检测,这些细胞在复杂疾病中起着重要作用,但丰度较低。RaceID、GiniClust、SINCERA 和 DendroSplit是专门设计用于在 scRNA-seq 数据分析中识别稀有细胞类型的聚类算法。 细胞类型注释 将细胞身份分配给细胞亚群,这一过程称为细胞类型注释,是 scRNA-seq 数据分析中的关键步...
2、通过marker基因对基因簇进行注释 拟南芥成熟叶片的主要细胞类型都能在snRNA-seq 转录组中被鉴定(共17个簇),在scRNA-seq 转录组中注释到16个簇。snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 ...