使得scATAC-seq在单细胞层面研究染色质开放性成为可能,而正好scRNA-seq是在单细胞层面研究基因表达量的技术,又因为基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基因的表达。
为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性评分,与scRNA-seq中的基因表达量数据一起,作为典型...
我们用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和单细胞转座酶可及染色质测序的 (scATAC-Seq)方法,分析了从胚胎9.5天(E9.5) 到E11.5小鼠胚胎的尾动脉(背主动脉(DA),脐动脉(U),卵黄(V) )的大约37,000个细胞,鉴定了从E到HE再到IAC细胞的连续发育轨迹。
scATAC-seq可用于绘制细胞染色质开放区的单细胞图谱,是一种单细胞水平研究表观遗传学的有效手段。 基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基因的表达。因此,从生物体内整个基因表达的过程考虑,scATAC-seq和scRNA-seq这一对绝佳的CP组合可以完整的为科研人员打开基因从源头到表达的整个视野...
scATAC-seq降维聚类发现(Fig 3B),缺失Zeb2广泛改变转化态SMC细胞的染色质可及性(Fig 3C)。SMC细胞亚群细分,转化态SMC主要存在于Zeb2敲除的样本中(Fig 3D-3E),成熟SMC标记基因Cnn1等的染色质可及性增加(Fig 3F-3G),意味着Zeb2在转化态SMC中具有抑制成熟SMC标记基因的作用,还可能抑制SMC转化为软骨细胞表型。差异...
在单细胞的尺度上衡量染色质开放性(例如scATAC-seq)有助于精确理解CRE的活性变化,尤其与单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)相结合,可以帮助解析不同转录因子如何协同的调节基因表达网络,从而调节细胞和组织的发育过程。例如,人大脑皮层发生是一个动态的...
scATAC文献:利用scRNA-seq和scATAC-seq研究灵长类中间神经元发育过程中的进化保守和非保守调控 INTRODUCTION 人脑复杂有序的神经网络主要由兴奋性谷氨酸神经元和含ɣ-氨基丁酸(GABA能)的抑制性中间神经元组成。中间神经元是高度多样的神经元,具有不同的形态、连接性和生物学功能。兴奋/抑制平衡失调与许多神经发育和神经...
作者将控制性别(female)的生物学重复创伤组织用于 scRNA-seq,这样就排除了对纤维母细胞状态的生物学或性别特异性差异的公正评估。尽管来自 LWC 细胞的 scATAC-seq 比较了再生能力与非再生成纤维细胞,但这样排除了在招募到不同创伤区域(LWC 与 LWP) 或创伤类型(SWs 与 LWs) 的成纤维细胞间差异染色质状态可及性 ...
scATAC文献:利用scRNA-seq和scATAC-seq研究灵长类中间神经元发育过程中的进化保守和非保守调控 1 Specific cell identities of primate GE progenitors 在哺乳动物发育中的大脑中,神经元由位于脑室区(VZ)的RGC和位于大脑皮层和GE的脑室下区(SVZ)的IPC生成。作者对来自人类和猕猴的神经祖细胞进行了亚群划分,包括RGC和IP...
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