与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞转录的影响;可以使用冷冻样本。其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for pla...
scRNA-seq数据的有效维度比所有可能的基因表达组合模式所允许的维度更低,部分原因在于scRNA-seq数据的视野有限:例如,对于描绘某一只有三个主要细胞类型的组织来说,大多数转录改变只需要用2个捕获细胞类型间差异的轴即可解释。根本上,更低的有效维度反映了细胞中基因调控逻辑所带来的转录协同性。例如,当10个基因受同一...
研究进一步计算三个数据集中每种细胞占总细胞的比例,发现snRNA-seq数据集中鉴定的表皮细胞比例明显高于scRNA-seq。 图3 snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 研究结论 与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞...
自从2009年由汤富酬等人开发出第一种单细胞转录组测序技术,到今天已经有几十种不同的单细胞转录组测序技术被开发出来,它们各自有不同的优势与缺点,我们可以在了解不同技术的优缺点之后,选择最适合自己的研究的技术。 图4. scRNA-seq发展史 图5. 部分常用的scRNA-seq(Chen, G., et al. (2019). "Single-Cell...
scRNA-seq 优势 为什么我们要使用单细胞测序?它与传统的bulk sequencing相比具备哪些优势呢? 对于多细胞生物来说,细胞与细胞之间是有差异性的(cell heterogeneity)。这种差异性可以体现为不同的遗传背景,不同的分化状态,不同的物理特征 ,不同的基因突变谱和转录组、蛋白质组表达谱等 [3]。 这些差异可以帮助我们理解...
scRNA-seq揭示白菜的亚基因组表达优势和对热应激的转录反应 英文题目:Single-cell tranome reveals dominant subgenome expression and tranional response to heat stress in Chinese cabbage 发表期刊:Genome Biol 影响因子:10.1 物种样本:白菜叶芽和叶片、热处理组叶片 ...
4、 单细胞DNBelab C4技术平台优势 单细胞 DNBelab C4 技术平台基于高通量单细胞建库系统 DNBelab C4,联合自主研发的 DNBSEQ 超高通量测序系统,可以实现单次测序数据产出规模达百万级细胞,可用于检测 scRNA-seq 及 scATAC-seq,在大幅降低建库成本的同时实现全局性的组织细胞图...
技术:scRNA-seq 导语 对肿瘤发育点的基质隔室内黑色素瘤和引流淋巴结(LNs)进行scRNA-seq,来自LNs的幼稚淋巴细胞在PD1和Lag3表达之前在肿瘤内经历激活和克隆扩增,而肿瘤相关骨髓细胞促进抑制性生态位的形成。在早期肿瘤中观察到“免疫”基质细胞,但“收缩”细胞在以后的时间点变得更加普遍。补体成分C3在免疫群体中特异...
自从2009年由汤富酬等人开发出第一种单细胞转录组测序技术,到今天已经有几十种不同的单细胞转录组测序技术被开发出来,它们各自有不同的优势与缺点,我们可以在了解不同技术的优缺点之后,选择最适合自己的研究的技术。 图4. scRNA-seq发展史 图5. 部分常用的scRNA-seq...
scRNA-seq最大的优势是能比较组织内部和组织间不同细胞类型的基因表达谱。PlantscRNAdb包含了不同细胞类型的基因(尤其是marker基因)的详细信息。它使用了基因组浏览器来展示不同细胞类型中基因表达的直观信息(Fig 1d)。由于不同的scRNA-seq测序测到的细胞数目不同,所显示的基因数据(对应的bam文件)都经历过归一化。