综上，癌细胞的异常增殖和分化是前列腺癌形成和发展的核心，ScRNA-seq和ST-seq可以被用来分析前列腺癌和肿瘤微环境的异质性。将ScRNA-seq和ST-seq与蛋白质组学和代谢组学等多组学技术相结合，将有助于更全面地理解前列腺癌复发和转移的分子机制，以期发现更多与治疗耐药性相关的分子靶点，实现更有效的治疗方案和更好...
scRNA-seq的关键应用之一是基于细胞聚类或分类来确定细胞亚群。NMF被用于在单细胞转录组数据中分离亚群,并已被证明以更高的准确性和鲁棒性优于PCA。同样的,开发SinNLRR是为了通过非负和低秩表示提供强大的基因表达子空间聚类。 最先进的聚类方法,如k-means算法,也已应用于scRNA-seq数据集,并基于此应用,开发了SC3方法。
scRNA-seq单细胞测序技术可对分散的单个细胞分别进行基因组、转录组、表观遗传组或多组学测序,可从较少的肿 瘤细胞中获得取可能多的信息。其过程和原理,首先就是给一个bead表面合成无数含有polyT的反转录引物(一个磁珠上含有的polyT引物数量可以高达10的8次方个),然后将每一个磁珠和一个单细胞通过微流控技术放到...
以上研究结果表明,scRNA-seq数据与临床结果高度相关,并有可能作为MM,特别是PRMM患者的辅助诊断,应用到临床治疗中。 图5.广泛耐药的MM患者的分子通路 5. MM患者治疗响应的纵向单细胞克隆动力学 在临床试验中,除了无应答患者以外,也有一些患者存在后期复发的情况。克隆进化是肿瘤进展和耐药的主要驱动力,研究人员通过对...
(1)scRNA-seq:从14例BC患者中取原发肿瘤病变及周围正常组织进行单细胞转录组测序,质控后获得124587个高质量细胞。 (2)bulk RNA-seq:公共数据库中BC队列(GSE7390, GSE58812)数据。 研究结果 1.单细胞转录组识别乳腺癌的肿瘤微环境 对单细胞数据进行无监督聚类,鉴定出7个细胞类型,细胞频率分析发现这些细胞类型在...
组学技术:scRNA-seq 胸主动脉瘤及夹层(TAAD)是一种危及生命的疾病,其特征是胸主动脉内层变性。彻底了解发病过程中调节因子的变化对临床治疗的发展至关重要。为了描述TAAD发展过程中的细胞和分子变化,本研究在从疾病早期到晚期的三个时间点对β-氨基丙腈诱导的TAAD小鼠模型的胸主动脉细胞进行了单细胞RNA测序。进行了...
1、scRNA-seq数据处理中的挑战 单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术正带给生物医学领域新的发展,研究者利用这一技术能细致分析单个细胞层次上的信息。 过去几年中,用于scRNA-seq数据分析的生物信息学技术得到了飞速发展,但仍有一些尚未解决的挑战,比如缺失事件(dropout event)、批次效应(batch effect)、噪音(noise)、高维度...
scRNA-seq, ST-seq 在肝脏发育研究中的应用 在胚胎发育过程中肝实质的细胞起源一直存在争议,而新兴的scRNA-seq和ST-seq技术为解释细胞起源提供了有效的帮助。研究报道一种胎儿肝胆杂合祖细胞在scRNA-seq技术中被发现,其具有杂合的基因表...
有效降维对于scRNA-seq分析至关重要。主成分分析(PCA)被广泛使用,但需要连续的、正态分布的数据;因此,它经常与scRNA-seq应用中的对数变换相结合,这可能会扭曲数据并掩盖有意义的变化。近日《Scientific Reports》发表了一种基于计数的PCA替代方案:对应分析 (correspo