除了scRNA-seq的经典应用,如细胞周期期的测定、细胞簇的鉴定、差异表达和信号通路的分析以及细胞分型之外,它还可以研究决定细胞表型、预测细胞分化方向的各种遗传和表观遗传细胞特征 (CNVs、SNVs、染色质状态)。获取关于细胞-细胞相互作用和系统发育的信息,包括在组织和器官的空间组织背景下。 scRNA-seq 数据的分析...
scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹等有效方法,在探究胚胎发育和肿瘤发生发展等方面被广泛应用。
scRNA-seq为异质性问题的解决提供转录组水平的解决方法,自这项技术问世以来,它就在飞速发展的同时得到了广泛的应用,从基因表达到细胞分群,再到谱系分析,scRNA-seq将这些点连成线,为今天的药物研发提供了更多的方向。scRNA-seq在今天大放异彩,在未来的表现也同样令人期待...
新的证据表明,t-SNE和UMAP更适用于scRNA-seq数据,这些数据已广泛用于单细胞分析,用于数据可视化和细胞群体识别。然而,t-SNE通常受到限制,例如大规模scRNA-seq数据集的计算时间慢,并且全局数据结构没有得到保存。UMAP具有上述两个方面的优势,目前成为最流行的降维选择。 细胞亚群的鉴定 scRNA-seq的关键应用之一是基于细...
首先作者将两个样本的scRNA-seq聚类为5个亚群,并且发现突变体细胞中没有C3亚群。根据突变体存在纤维起始方面的表型缺陷,作者推测C3是纤维细胞,同时利用已知marker基因和RNA原位杂交等实验都证明了C3是纤维细胞。 为了进一步验证C3是纤维细胞,作者使用激光显微切割(LCM)在1DPA胚珠中捕获了纤维细胞,并结合bulk RNA-seq。
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。
2、 单细胞技术意义及应用 单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)对组织中的细胞进行独立分析,在细胞图谱构建、细胞亚群细化及稀有细胞类型鉴定、疾病标志性致病基因及干细胞发育分化等过程中发挥重要作用。单细胞转录组学在人类健康方面主要涉及发育研究、免...
应用：它用于研究细胞间的异质性，了解不同细胞类型的特定基因表达模式。局限性：scRNA-seq 通常只能用于...
一项题为“Identification of resistance pathways and therapeutic targets in relapsed multiple myeloma patients through single-cell sequencing”的研究于2021年3月发表在Nature Medicine上,研究进行了一项前瞻性,多中心,单臂多发性骨髓瘤临床实验结果,结合单细胞转录组测序(scRNA-seq)描述了MM耐药机制的分子机制,并发现...