然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA-seq数据的实验者提供了实践指南,也为寻求开发新计算方法的生物信息学家提供了概述。 scRNA-seq分析的核心...
scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA-seq数据的实验者提供了实践指南,...
细胞类型鉴定是scRNA-seq分析中最重要的任务之一。2022年《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,使用不同组织、测序技术和物种的14个公共 scRNA-seq数据集研究了8种监督和10种非监督细胞类型识别方法的性能。 研究团队总共使用了14个不同组织、疾病、物种和技术的数据集,评估了18种流行的细胞类型识别方法,...
最近,Sheng等人表明,另一种全长转录测序方法MATQ-seq在检测低丰度基因方面可以优于Smart-seq2。 图2 scRNA-seq技术综述 与3`端和5`端的检测方法相比,全长转录本的检测方法在转录本覆盖的优越性,等位基因表达检测、RNA编辑鉴定等方面具有无可比拟的优势。此外,对于某些低表达基因/转录本的检测,全长scRNA-seq方法...
单细胞入门-读一篇scRNA-seq综述讲解: 1.1. 实验 简单回顾测序技术的发展,从桑格尔发明双脱氧末端终止法(一代测序)到人类基因组计划历时13年耗费30亿美元,测序一直很贵,直到高通量的边合成边测序技术(二代测序)出现。随着测序价格的不断下降,2009年开发出了第一个单细胞转录组测序方法(汤富酬)。
随着高通量scRNA-seq(包括临床样本)能力的扩大,对这些海量数据的分析能力已成为进入该领域研究人员的必备技能。近日,《Military Medical Research》发表了一篇综述文章,回顾了典型scRNA-seq数据分析的工作流程,总结每个分析步骤的当前方法,并针对某些特定的分析任务和方法指出了建议和注意事项。
内容概要:该综述回顾了星形胶质细胞的发育、异质性及其在中枢神经系统(central nervous system,CNS)生理和病理环境中的重要作用。强调了scRNA-seq在揭示星形胶质细胞发育、异质性及其在不同CNS疾病中作用的关键应用。 2克隆分辨率下胶质纤维酸蛋白阴性原始神经干细胞及其子代的命运法则 ...
随着高通量scRNA-seq(包括临床样本)能力的扩大,对这些海量数据的分析能力已成为进入该领域研究人员的必备技能。近日,《Military Medical Research》发表了一篇综述文章,回顾了典型scRNA-seq数据分析的工作流程,总结每个分析步骤的当前方法,并针对某些特定的分析任务和方法指出了建议和注意事项。
scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA-seq数据的实验者提供了实践指南,...
scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA-seq数据的实验者提供了实践指南,...