单细胞入门:读一篇scRNA-seq综述 这篇综述是 《Single-cell RNA sequencing: Technical advancements and biological applications》来自瑞典的一个实验室 1.1.实验 简单回顾测序技术的发展,从桑格尔发明双脱氧末端终止法(一代测序)到人类基因组计划历时13年耗费30亿美元,测序一直很贵,直到高通量的边合成边测序技术(二...
细胞类型鉴定是scRNA-seq分析中最重要的任务之一。2022年《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,使用不同组织、测序技术和物种的14个公共 scRNA-seq数据集研究了8种监督和10种非监督细胞类型识别方法的性能。 研究团队总共使用了14个不同组织、疾病、物种和技术的数据集,评估了18种流行的细胞类型识别方法,...
回顾:单细胞入门-读一篇scRNA-seq综述 本来想看这篇文章 A general and flexible method for signal extraction from single-cell RNA-seq data. 一种通用、灵活的单细胞转录组数据降维方法,ZINB-WaVE。它使用零膨胀负二项式模型,能够解释dropout、超表达和数据的自然属性,在稳定性和精确性上优于PCA和ZIFA。 对应...
近日，贵州大学人民医院朱建国教授团队在Cell Regeneration发表了题为“Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer”的综述文章，总结了scRNA-seq和ST-seq技术在解决前列腺癌药物抗性、分子靶向治疗和免疫治疗方面的潜在价值，揭示了前列腺癌及其肿瘤微环境的异质性和功能变化，为前列腺癌...
单细胞⼊门-读⼀篇scRNA-seq综述 本来想看这篇⽂章 A general and flexible method for signal extraction from single-cell RNA-seq data.⼀种通⽤、灵活的单细胞转录组数据降维⽅法，ZINB-WaVE。它使⽤零膨胀负⼆项式模型，能够解释dropout、超表达和数据的⾃然属性，在稳定性和精确性上优于PCA...
图2 scRNA-seq技术综述 与3`端和5`端的检测方法相比,全长转录本的检测方法在转录本覆盖的优越性,等位基因表达检测、RNA编辑鉴定等方面具有无可比拟的优势。此外,对于某些低表达基因/转录本的检测,全长scRNA-seq方法可能优于3`端测序方法。值得注意的是,基于droplet的技术(例如Drop-seq、InDrop和Chromium)通常可以...
① scRNA-seq和空间转录组学是革命性的技术,如何将它们与临床治疗结合是目前的主要挑战,综述它们在肝脏组织、再生以及慢性肝病和癌症中的细胞之间相互作用方面的应用和发现,以期有所启示。 ② 总结了scRNA-seq的技术和原理,提出多种scRNA-seq技术的结合(例如基于微滴的系统和Smart-Seq2)可以产生协同作用,增加捕获罕见...
随着高通量scRNA-seq(包括临床样本)能力的扩大,对这些海量数据的分析能力已成为进入该领域研究人员的必备技能。近日,《Military Medical Research》发表了一篇综述文章,回顾了典型scRNA-seq数据分析的工作流程,总结每个分析步骤的当前方法,并针对某些特定的分析任务和方法指出了建议和注意事项。
细胞类型鉴定是scRNA-seq分析中最重要的任务之一。2022年《Briefings in Bioinformatics》发表了一篇综述文章,使用不同组织、测序技术和物种的14个公共 scRNA-seq数据集研究了8种监督和10种非监督细胞类型识别方法的性能。 研究团队总共使用了14个不同组织、疾病、物种和技术的数据集,评估了18种流行的细胞类型识别方法,...
这篇综述只着重介绍了胚胎植入前发育和大脑皮层,在这两个方向上scRNA-seq有了巨大的概念性发展。 mark 1.2.1. 胚胎植入前发育 生命起源于一个受精卵,受精卵的分化过程受转录水平调控形成三个主要的细胞谱系。这个过程里有几个长期存在的问题:1. 单个卵裂球之间是何时出现差异的?2. 三个细胞谱系如何及时分离?3....