ATAC-seq原理介绍,应用,研究方向&数据分析 探研究___转生星人· 2022-7-7 6520 05:12 开泰生物_生信云_Mantel test分析演示 KTBio· 3-8 7 scRNA-seq:降维(PCA、tSNE、UMAP) FLOWHUB· 2022-4-18 645610 10:16 17690 51:23 836942 21:58 【...
Normal serous acinar cellsdir.create("int")saveRDS(cellInfo,file="int/cellInfo.Rds")# 设置SCENIC分析的参数mydbDIR<-"/data/shumin/data/RcisTarget"mydbs<-c("hg38__refseq-r80__500bp_up_and_100bp_down_tss.mc9nr.feather","hg38__refseq-r80__10kb_up_and_down_tss.mc9nr.feather")names(my...
第19讲单细胞高级分析-看懂转录因子调控结果 寻因生物· 2023-10-17 47841 34:54 pyscenic单细胞转录因子分析视频教程 KS科研分享与服务· 2023-8-8 1.2万5 18:11 单细胞Seurat标准流程分析:差异分析火山图+GO/KEGG富集分析+GSEA分析 散装生信散哥· 2023-12-14 ...
首先是:图 a Heatmap of the area under the curve (AUC) scores of TF motifs estimated per cell by SCENIC. Shown are top five differentially activated motifs in iCAFs and mCAFs, respectively 也就是说,研究者定位到了两个细胞亚群 iCAFs and mCAFs,然后针对性的对这两个细胞亚群进行SCENIC分析,取...
SCENIC分析是对ScRNA-Seq数据中转录因子(Transcription Factors,TFs)进行研究,最终筛选得到调控强度显著、处于核心作用的TFs,结果通常以热图形式展示。尤其在肿瘤学中,SCENIC分析可以帮助找到与肿瘤发生发展相关的关键“驱动基因(Driver)”,从而为探究其发病机制奠定基础。
SCENIC是一种重建基因调控网络(GRN)并从scRNA-seq数据中鉴定stable cell states的工具。基于共表达和DNA模基序 (motif)分析推断基因调控网络 ,然后在每个细胞中分析转录因子基因集活性进而鉴定细胞状态[1]。SCENIC分析由于其能够关注转录因子与靶基因互作等额外信息,在很多单细胞文章中都得到了应用[2-3]。
SCENIC分析是对ScRNA-Seq数据中转录因子(Transcription Factors,TFs)进行研究,最终筛选得到调控强度显著、处于核心作用的TFs,结果通常以热图形式展示。尤其在肿瘤学中,SCENIC分析可以帮助找到与肿瘤发生发展相关的关键“驱动基因(Driver)”,从而为探究其发病机制奠定基础。
3. SCENIC分析流程 SCENIC主要包含三个步骤: GENIE3(随机森林)/GRNBoost(Gradient Boosting):基于共表达情况鉴定每个TF的潜在靶点,推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。每个模块包含一个转录因子及其靶基因。(R语言版SCENIC这一步用的随机森林的算法,Python版用的是Gradient Boosting算法,两种算法不太一样,但算...
SCENIC(single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。 2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了...
单细胞进阶分析主要是拟时序分析,细胞通讯分析,以及SCENIC转录因子分析。但实际上随着越来越多单细胞研究从CNS正刊跌落到CNS子刊,再到普通的数据挖掘文章,所谓的进阶分析也要沦落为标准分析啦。 不过,虽然SCENIC转录因子分析越来越普通,但它的难度并不会降低,在试图学习这个分析方法之前,我们必须先看看SCENIC转录因子分析...