SCENIC是2017年11月发表在Nature Methods期刊的一种单细胞转录因子分析方法,也是目前进行单细胞转录因子分析的主流软件,该软件在进行数据分析的同时也能得到可视化结果图。另外,SCENIC是一款开源软件,可以免费下载使用,目前软件有R和python两个版本,每个版本都配备了详细的使用说明(软件官网https://scenic.aertslab.org/)...
Single-cell regulatory network inference and clustering (SCENIC)是一种专为单细胞数据开发的GRNs算法,它的创新之处在于引入了转录因子motif序列验证统计学方法推断的基因共表达网络,从而识别高可靠性的由转录因子主导的GRNs。 2. 输入 输入:SCENIC需要输入的是单细胞RNA-seq表达矩阵—— 每列对应于样品(细胞),每...
SCENIC (single-cell regulatory network inference and clustering)是一个基于共表达和motif分析,计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。 2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明...