devtools::install_github("aertslab/SCopeLoomR", build_vignettes = TRUE) #最后安装SCENIC devtools::install_github("aertslab/SCENIC") ===下载库文件=== 官网给出的下载地址为: #人类 dbFiles <- c("https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/homo_sapiens/hg19/refseq_r45/mc9nr/gene_based...
利民Thermalright FROZEN MAGIC SCENIC冰封远景 一体水冷系列 INTEL 115X/1200平台安装教程 窜丝偿尸 伴奏 科技 数码 数码玩家训练营2.0 水冷 DIY CPU 装机 组装电脑 硬件 演示 电脑 散热 Thermalright官方账号发消息 利民散热器官方频道 PC散热方案系统解决商 加入官方群:957327584 ...
在安装SCENIC之前,请按照以下代码安装一些依赖包: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::version()# If your bioconductor version is previous to 3.9, see the section bellow## RequiredBiocManager::install(c("AUCell", "RcisTarget"))BiocManager...
利民Thermalright FROZEN MAGIC SCENIC冰封远景 一体水冷系列 AMD AM4平台安装教程, 视频播放量 33108、弹幕量 6、点赞数 257、投硬币枚数 68、收藏人数 227、转发人数 125, 视频作者 Thermalright官方账号, 作者简介 利民散热器官方频道 PC散热方案系统解决商 加入官方群
安装SCENIC流程 其中R语言版本的SCENIC流程依赖于3个R包: GENIE3to infer theco-expressionnetwork (faster alternative:GRNBoost2) RcisTargetfor the analysis oftranscription factorbinding motifs AUCellto identify cells withactive gene sets(gene-network) in scRNA-seq data ...
Step0.软件安装: 安装主要有三种方法docker,conda和Singularity(这里我使用conda): (2)conda安装 注意python版本python=3.7 代码语言:javascript 复制 # 需要一些依赖 conda create-n pyscenic python=3.7conda activate pyscenic mamba install-y numpy scanpy ...
安装拖板,在机器底部塑料盒两端有两个塑料卡子,将拖板垂直对准卡子往下按即可安装完成,清洗拖布直接撕下来清洗就可以了。 规划扫地方案,只需用手机下载App,即可以连接您的扫地机器人。通过设定虚拟墙的方式,告知扫地机器人什么区域需要清洁。并且可以在上班的时候便远程设定清洁时间,回到家便可以看到一个干净舒适的环境啦...
安装SCENIC流程 其中R语言版本的SCENIC流程依赖于3个R包: GENIE3to infer theco-expressionnetwork (faster alternative: GRNBoost2) RcisTargetfor the analysis oftranscription factorbinding motifs AUCellto identify cells withactive gene sets(gene-network) in scRNA-seq data ...
先安装R,如果处理大样本数据,则建议使用Python版 (https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/); SCENIC在R中实现基于三个R包: GENIE3: 推断基因共表达网络 RcisTarget: 用于分析转录因子结合motif AUCell: 用于鉴定scRNA-seq数据中具有活性基因集(基因网络)的细胞 ...
10X/CellRanger输出结果可用作SCENIC的输入文件 (需要先安装Seurat)。 # BiocManager::install("Seurat") #测试数据也可以从Seurat官网下载,自己修改路径 # 测试数据:https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/output/matrices#r-load-mat> ...