install.packages("https://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/GENIE3_1.4.3.tar.gz", repos=NULL) 然后开始真正的重头戏:安装R包SCENIC # install.packages("devtools") devtools::install_github("aertslab/SCENIC", ref="v1.1.0") packageVersion("SCENIC") 安装完R包之后,还要下载motif分...
先安装一些必要的包。 ## Required BiocManager::install(c("AUCell", "RcisTarget")) BiocManager::install(c("GENIE3")) # Optional. Can be replaced by GRNBoost ## Optional (but highly recommended): BiocManager::install(c("zoo", "mixtools", "rbokeh")) # For various visualizations and perfor...
wget https://resources.aertslab.org/cistarget/motif2tf/motifs-v9-nr.hgnc-m0.001-o0.0.tbl (5)R包安装 代码语言:javascript 复制 ##SCENIC需要一些依赖包,先安装好 install.package("BiocManager")BiocManager::install(c("AUCell","RcisTarget","GENIE3","zoo","mixtools","rbokeh","DT","NMF","phe...
所以,实际上学习这个SCENIC流程,必须要先学习这3个R包的。 比如RcisTarget包,基于DNA-motif 分析选择潜在的直接结合靶点,我也是写了两个教程: 基因集的转录因子富集分析 为什么是AUC值而不是GSEA来挑选转录因子呢 再比如那个AUCell包,我分享了:使用AUCell包的AUCell_calcAUC函数计算每个细胞的每个基因集的活性程度 ...
Introduction and setup 安装 running SCENIC 使用 提供了 (R / Python)两个版本的运行方式 ,SCENIC is implemented inR(this package and tutorial) andPython(pySCENIC). 安装SCENIC流程 其中R语言版本的SCENIC流程依赖于3个R包: GENIE3to infer theco-expressionnetwork (faster alternative: GRNBoost2) ...
安装SCENIC流程 其中R语言版本的SCENIC流程依赖于3个R包: GENIE3to infer theco-expressionnetwork (faster alternative: GRNBoost2) RcisTargetfor the analysis oftranscription factorbinding motifs AUCellto identify cells withactive gene sets(gene-network) in scRNA-seq data ...
SCENIC在R中实现基于三个R包: GENIE3: 推断基因共表达网络 RcisTarget: 用于分析转录因子结合motif AUCell: 用于鉴定scRNA-seq数据中具有活性基因集(基因网络)的细胞 运行SCENIC需要安装这些软件包以及一些额外的依赖包: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") ...
SCENIC在R中实现基于三个R包: GENIE3: 推断基因共表达网络 RcisTarget: 用于分析转录因子结合motif AUCell: 用于鉴定scRNA-seq数据中具有活性基因集(基因网络)的细胞 运行SCENIC需要安装这些软件包以及一些额外的依赖包: if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") ...
SCENIC在R中实现基于三个R包: GENIE3: 推断基因共表达网络 RcisTarget: 用于分析转录因子结合motif AUCell: 用于鉴定scRNA-seq数据中具有活性基因集(基因网络)的细胞 运行SCENIC需要安装这些软件包以及一些额外的依赖包: 代码语言:javascript 复制 if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("...
原文: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5937676/ SCENIC在R中实现基于三个R包: 1.GENIE3:推断基因共表达网络 2.RcisTarget:用于分析转录因子结合motif 3.AUCell:用于鉴定scRNA-seq数据中具有活性基因集(基因网络)的细胞 SCENIC的安装参考: 安装 (未完待续)