SCENIC分析流程 下面才进入正餐! 输入数据的准备:表达矩阵加上表型信息 跟CellPhoneDB运行需要的输入数据一样,也是表达矩阵加上表型信息即可,官网给出的示例数据是基于loom文件,实际上没有这个必要哈,最重要的是 表达矩阵加上表型信息: rm(list = ls()) library(SCENIC) ## Load data loomPath <- system.file(...
5.runSCENIC_3_scoreCells() 每个Regulon就是一个转录因子及其直接调控靶基因的基因集,SCENIC接下来的工作就是对每个regulon在各个细胞中的活性评分,得到每个基因集在每个细胞的AUC score矩阵(AUC代表来与细胞内其他基因相比,特征基因中代表基因的比例及其相对表达值)。评分是基于recovery analysis,根据基因的表达值进行,...
runSCENIC_1_coexNetwork2modules(scenicOptions)runSCENIC_2_createRegulons(scenicOptions,coexMethod=c("top5perTarget"))# Toy run settingsrunSCENIC_3_scoreCells(scenicOptions,exprMat_log)runSCENIC_4_aucell_binarize(scenicOptions) 这4个函数分别完成下面的4个分析环节: GENIE3/GRNBoost:基于共表达情况鉴定...
二.初始化SCENIC的设置参数 org,dbDir,dbs,datasetTitle library(SCENIC) org="mgi" # or hgnc, or dmel dbDir="cisTarget_databases" # RcisTarget databases location myDatasetTitle="SCENIC example on Mouse brain" # choose a name for your analysis data(defaultDbNames) dbs <- defaultDbNames[[org]...
library(SCENIC)library(AUCell)library(pystr)##填写不同的clus,对不同细胞进行分析clus<-1exprMat<-read.table(pystr_format('cluster_{1}.exprMat_noPO7.txt',clus),sep='\t',header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE,stringsAsFactors=FALSE)exprMat<-as.matrix(exprMat)cellInfo<-read.table(pystr...
SCENIC分析流程 下面才进入正餐! 输入数据的准备:表达矩阵加上表型信息 跟CellPhoneDB运行需要的输入数据一样,也是表达矩阵加上表型信息即可,官网给出的示例数据是基于loom文件,实际上没有这个必要哈,最重要的是表达矩阵加上表型信息: rm(list = ls())
SCENIC分析流程 下面才进入正餐! 输入数据的准备:表达矩阵加上表型信息 跟CellPhoneDB运行需要的输入数据一样,也是表达矩阵加上表型信息即可,官网给出的示例数据是基于loom文件,实际上没有这个必要哈,最重要的是表达矩阵加上表型信息: rm(list = ls())library(SCENIC)## Load dataloomPath <- system.file(package...
library(SCENIC)library(AUCell)library(pystr)##填写不同的clus,对不同细胞进行分析clus<-1exprMat<-read.table(pystr_format('cluster_{1}.exprMat_noPO7.txt',clus),sep='\t',header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE,stringsAsFactors=FALSE)exprMat<-as.matrix(exprMat)cellInfo<-read.table(pystr...
library(SCENIC) org="mgi" # or hgnc, or dmel dbDir="cisTarget_databases" # RcisTarget databases location myDatasetTitle="SCENIC example on Mouse brain" # choose a name for your analysis data(defaultDbNames) dbs <- defaultDbNames[[org]] ...