通过scATAC-seq数据,研究人员可以根据开放染色质上顺式调控元件的基因活性评分来推断特定细胞中转录因子的表达。推定的转录因子结合位点的可接近性可作为转录因子表达数据的补充,以建立细胞类型特异性的调控网络。斯坦福大学的研究人员在上文提到的混合表型急性白血病研究中,利用这种方法及其scATAC-seq数据,将启动子可接近性...
cisTopic,用于分析和注释scATAC-seq的结果,一般来说,scATAC测量的是单个细胞中染色质开放的程度 对于scATAC的分析有三种类型,第一种是直接得到peaks的单细胞矩阵,这里的peak即为染色质开放的区域(行为peak的位置信息;列为cells);第二种是将基因组按照window/bin等长划分,比如按照500bp来划分(1-500bp,501-1000bp,100...
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。 图1 自2018年以来1...
scATAC-seq中线粒体DNA突变研究和细胞谱系示踪应用—单细胞研究线上直播分享会第二期—贝瑞科服&10x Genomics&怡美通德联合举办 48 0 2022-07-06 13:41:54 未经作者授权,禁止转载 您当前的浏览器不支持 HTML5 播放器 请更换浏览器再试试哦~1投币1分享单细胞研究线上直播分享会第二期:单细胞ATAC测序如何揭...
scATAC‑seq是一种重要的单细胞测序技术,可揭示不同类型细胞之间的异质性问题,并对开放染色质的可及性进行表征,从而深入研究染色质、转录因子和调控元件之间的动态变化和相互作用关系。该技术在细胞生物学和基因组学研究中应用广泛。它能够鉴定不同细胞类型、分析转录因子功能、识别和注释增强子区域,并揭示细胞发育和分...
单细胞染色质转座酶可及性的高通量测序(single‑cell assay for transposase‑accessible chromatin with high‑throughput sequencing, scATAC‑seq)是利用转座酶研究单细胞染色质开放性的高通量测序技术,对于研究全基因组的表观遗传调控具有重要的意义。scATAC‑seq能在基因组水平上协助了解细胞的转录调控过程,揭示...