3、scATAC-Seq识别RUNX1增强子和转录因子motif增加pre-HE的可及性 我们对E10.5 CD44+E+HE+IAC细胞进行了scRNA-Seq和scATAC-Seq,获得了1670个细胞的高质量开放染色质图谱,涵盖了从E到IAC的各种细胞类型 (图5A)。对特异转录因子(TF)的结合模式进行评估(图5E),结果显示与TF表达模式有很强的相关性,这与scRNASeq数...
为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性评分,与scRNA-seq中的基因表达量数据一起,作为典型...
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性...
1、scRNA-seq与scATAC-seq联合分析绘制胸腺iNKT细胞发育图谱并鉴定到其谱系转录因子Cbfβ 与传统的αβT细胞不同,不变自然杀伤T(iNKT)细胞在胸腺中完成了向功能性iNKT1/2/17细胞的终极分化。然而,指导 iNKT 亚群分化的潜在分子程序仍不清楚。本文利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC...
整合scRNA-seq和scATAC-seq中的SMC细胞数据,降维分析发现SMC可以聚类为静息态和转化态SMC(Fig 2J)。Monocle软件构建SMC演化状态(Fig 2K),平滑肌细胞起始于收缩基因高表达状态,随着SMC转化为FMC,其表达量逐渐降低(Fig 2L)。Zeb2表达伴随于Zeb结合位点的可及性降低(Fig 2M-2O)。随着演化轨迹,出现CMC细胞时,Zeb2...
在单细胞的尺度上衡量染色质开放性(例如scATAC-seq)有助于精确理解CRE的活性变化,尤其与单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)相结合,可以帮助解析不同转录因子如何协同的调节基因表达网络,从而调节细胞和组织的发育过程。例如,人大脑皮层发生是一个动态的...
接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性评分,与scRNA-seq中的基因表达量数据一起,作为典型相关性分析的输入。对scRNA-seq数据集中所有被鉴定为变异性高的基因进行这样的量化分析。 # quantify gene activitygene.activities<-GeneActivity(pbmc.atac,features=VariableFeatures(pbmc.rna))# add gene activities as a...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
因为尽管转录组研究已经获得很多令人激动的进展,但它终归还是一个高度协调、受表观基因组调控的基因表达程序的副产物。因此同时结合scATAC-seq在单细胞水平研究染色质的可及性,即单细胞层面表观基因组学研究,可有助于更加深入的认识疾病发生背后的机制。 小编这里精心挑选了近一年,使用了10X scATAC-seq和10X scRNA-...
本研究结合scRNA-seq和scATAC-seq对四个时期的胎儿大脑皮层细胞进行联合分析,完成了人大脑皮层发生过程中各细胞类型的单细胞基因表达和调控图谱,发现了在皮层发生过程中,一系列可以通过染色质开放性预测表达水平的基因,进一步的深入研究,发现了神经元和胶质细胞发育分化的路径以及不同的转录因子在这些过程中的调控机制,同...