我们用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和单细胞转座酶可及染色质测序的 (scATAC-Seq)方法,分析了从胚胎9.5天(E9.5) 到E11.5小鼠胚胎的尾动脉(背主动脉(DA),脐动脉(U),卵黄(V) )的大约37,000个细胞,鉴定了从E到HE再到IAC细胞的连续发育轨迹。
识别scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据集之间的anchors 为了在单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)实验之间找到相互关联的“锚点”,首先利用Signac软件包中的GeneActivity()函数,通过计算2kb启动子区域和基因体内的ATAC-seq测序计数,来估算每个基因的转录活性。 接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性...
首先,通过scRNA-seq(图2A)和scATAC-seq(图2B)分别鉴定了不同的细胞亚群:记忆B细胞(MBC),浆细胞(PC)和前体浆细胞/浆细胞母细胞(prePB/PB)。接着对scRNA-seq和scATAC-seq数据进行了整合分析,结果显示两组学数据集在MBC和PC阶段具有的良好的重叠(图2CD)。而来自ATAC-seq数据集的近一半的prePB未被预测为prePB,...
1、scRNA-seq与scATAC-seq联合分析绘制胸腺iNKT细胞发育图谱并鉴定到其谱系转录因子Cbfβ 与传统的αβT细胞不同,不变自然杀伤T(iNKT)细胞在胸腺中完成了向功能性iNKT1/2/17细胞的终极分化。然而,指导 iNKT 亚群分化的潜在分子程序仍不清楚。本文利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞转座酶可及染色质测序(scATAC...
接下来,使用scATAC-seq数据得到的基因活性评分,与scRNA-seq中的基因表达量数据一起,作为典型相关性分析的输入。对scRNA-seq数据集中所有被鉴定为变异性高的基因进行这样的量化分析。 代码语言:javascript 复制 # quantify gene activity gene.activities<-GeneActivity(pbmc.atac,features=VariableFeatures(pbmc.rna))# ...
整合scRNA-seq和scATAC-seq中的SMC细胞数据,降维分析发现SMC可以聚类为静息态和转化态SMC(Fig 2J)。Monocle软件构建SMC演化状态(Fig 2K),平滑肌细胞起始于收缩基因高表达状态,随着SMC转化为FMC,其表达量逐渐降低(Fig 2L)。Zeb2表达伴随于Zeb结合位点的可及性降低(Fig 2M-2O)。随着演化轨迹,出现CMC细胞时,Zeb2...
在单细胞的尺度上衡量染色质开放性(例如scATAC-seq)有助于精确理解CRE的活性变化,尤其与单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)相结合,可以帮助解析不同转录因子如何协同的调节基因表达网络,从而调节细胞和组织的发育过程。例如,人大脑皮层发生是一个动态的...
内容概要:从FoxD1cre;mTmG小鼠胚胎关键发育时期中分离出单个肾素细胞,并联合scRNA-seq和scATAC-seq进行分析,描述了肾素细胞发育过程中的染色质和转录组变化,确定了MEF2和NFI转录因子家族被富集,并可能控制肾素细胞命运。 2、人类内源性逆转录病毒K有助于胶质母细胞瘤干细胞生态位的形成 ...
通常情况下,在进行scRNA-seq与scATAC-seq数据集之间的整合分析时,主要集中于上述的标签传递工作。在下文中展示了如何进行细胞数据的共同嵌入,并再次强调,这仅用于示范,特别是在本案例中,scRNA-seq和scATAC-seq的数据实际上是从同一批细胞中获得的。 为了实现共同嵌入,会首先基于之前计算得到的锚点,对scATAC-seq细胞进...
本研究结合scRNA-seq和scATAC-seq对四个时期的胎儿大脑皮层细胞进行联合分析,完成了人大脑皮层发生过程中各细胞类型的单细胞基因表达和调控图谱,发现了在皮层发生过程中,一系列可以通过染色质开放性预测表达水平的基因,进一步的深入研究,发现了神经元和胶质细胞发育分化的路径以及不同的转录因子在这些过程中的调控机制,同...