5. 指出使用samtools merge命令时可能遇到的问题及解决方法 问题:合并的BAM文件未排序。 解决方法:确保所有要合并的BAM文件都是已排序的。如果未排序,samtools merge会报错。 问题:合并后的文件头信息不一致。 解决方法:使用-h选项将输入BAM文件中的头信息合并到输出文件中,确保头信息的一致性。 问题:输出文件已存在...
当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持所有输入记录并保持现有排序顺序的bam文件。 基本用法: samtools merge out.bam test1.bam test2.bam test3.bam 4.Index 为了能够快速访问bam文件,可以为已经基于...
使用samtools merge命令将BAM文件合并为单个文件,假设您要将3个BAM文件(file1.bam,file2.bam和file3.bam)合并为名为merged.bam的单个文件。 samtools merge merged.bam file1.bam file2.bam file3.bam fastq文件建索引 结果会生成后缀为.fai的索引文件 samtools faidx test.fasta samtools 获取某染色体位置的结果...
当存在多个样本的bam文件时,可以通过SAMtools的merge命令实现。官方说明书: http://www.htslib.org/doc/samtools-merge.html基础用法samtools merge要求是对排序后的bam文件进行合并,生成和现在顺序一样的bam文件。需要注意的是,bam文件需要有.bai索引。samtools merge [options] -o out.bam [options] in1.bam .....
当存在多个样本的bam文件时，可以通过SAMtools的merge命令实现。官方说明书：http://www.htslib.org/doc/samtools-merge.html samtools merge要求是对排序后的bam文件进行合并，生成和现在顺序一样的bam文件。需要注意的是，bam文件需要有.bai索引。或者：生成一个rg.txt的文件，并赋值给合并后的bam文件。
samtools index test.sort.bam 4、merge 功能:合并多个已经sort的bam文件 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件合并为一个排序的且保持所有输入记录并保持现有排序顺序的bam文件。 主要参数释义: -n:输入根据read排序的文件
samtools merge merge.bam A1.sorted.bam /ifs1/Sequencing/B1.sorted.bam 案例六:输出比对fq或fa samtools fastq A1.sorted.bam -1 A.1.fq.gz -2 A.2.fq.gz -c 6 案例七:tview samtools tview A1.sorted.bam samtools tview A1.sorted.bam ref.fna ...
merge 合并bam文件 samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam tview 图形化的界面查看mapping的结果 ? -help g -到达指定的染色体区域 samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta sort 将比对结果排序 samtools sort aln.bam aln.sorted reheader 将bam文件的头文件替换。
1.1.6 输出最终文件: BAM: samtools view -@8 markdup.bam -o final.bam 1.2 合并流程 上面的命令可以用管道符传递从而避免临时文件的生成从而节省磁盘空间 minimap2 -t 8 -a -x sr C.Elegans.fa SRR065390_[12].fastq | \ samtools fixmate -u -m - - | \ ...
4)samtools merge [‐h inh.sam] [‐n] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam> [...],将多个排序后的序列文件合并。参考头文件列出所有的输入BAM文件和inh.sam中@SQ头,如果存在,必须全部指向同一系列的参考序列。参考头文件列表(除非被-h选项替代)和in1.bam中的“@”头将会被拷贝到out.bam中,其他的输入...