这个参数可以控制`sambamba sort`在排序过程中使用的内存量,以避免耗尽系统资源--tmpdir=TMPDIR:指定临时文件的存储目录;默认是系统的临时文件目录-o:指定输出文件名(可直接定义输出文件的位置和名称);如果未提供,则结果写入一个以`.sorted.bam`为扩展名的文件-n:按read名而不是坐标排序(字典顺序)。这种排序对于某...
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sambamba是一个新的BAM文件处理工具,它使用了D语言的多线程和异步IO特性,实现了高效的并行化处理。sambamba可以在多核CPU上同时运行多个任务,利用硬盘和内存的带宽,提高了处理速度。sambamba还使用了一些优化算法和数据结构,比如快速排序,哈希表,位图等,减少了内存占用和磁盘读写。sambamba支持了samtools和picard的大部分...
mkdir sambamba-1.0.1 mv sambamba-1.0.1-linux-amd64-static sambamba-1.0.1/ ln -s /app/sambamba-1.0.1/sambamba-1.0.1-linux-amd64-static /usr/local/bin/sambamba 使用方式 安装完成后直接运行看一下 sambamba 功能: $ /opt/miniconda3/bin/sambamba sambamba 1.0.0 by Artem Tarasov and Pjotr Prin...
conda install sambamba -y# github: https://github.com/biod/sambamba 基本用法 # 创建.bai indexsamtools index sample.bam# 计算窗口reads数和平均覆盖度sambamba depth window -w1000sample.sorted.bam > /path/sample.bam_read_depths.txt 统计结果 ...
cd sambamba-1.0.1 make 这个时候可能会报错 which: no ldmd2 in (/opt/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin) python3 ./gen_ldc_version_info.py > utils/ldc_version_info_.d make: *** [utils/ldc_version_info_.d] Error 1 ...
(3) sambamba 也可以使用sambamba操作bam文件和去除重复,据说该命令运行比picard MarkDuplicates快30倍。 四、 使用方法 (1) bam过滤步骤 a. 去除低质量比对(MAPQ<30) b. 去除多重比对(一条read比对到基因组的多个位置) c. 去除PCR重复(不同reads比对到基因组的同一位置) ...
sambamba主要有filter,merge,slice和duplicate等七个功能来处理sam/bam文件。 图1 sambamba的功能介绍 功能详细介绍见:Sambamba documentation (lomereiter.github.io) 其中的duplicate功能真是太好用了,可以用来代替picard去除重复序列,在筛选标准不变的前提下速度能提升30倍以上。且一直都有更新,目前已经更新到sambamba-...
sambamba 是一个基于SAM/BAM格式的高效工具，它可以用于快速处理大规模的测序数据。它可以用于排序、去重、过滤、统计、索引等多种操作，是一款非常实用的测序数据处理工具。sambamba 的使用方法非常简单，用户只需要在终端中输入相应的命令即可。例如，如果用户需要对一个BAM文件进行排序，可以使用以下命令：sambamba sort ...
gunzip sambamba-0.8.1-linux-amd64-static.gz #对该包设置权限 chmod a+x sambamba-0.8.1-linux-amd64-static #对该包重命名 mv sambamba-0.8.1-linux-amd64-static sambamba #获取全路径 pwd #加入bashrc echo 'export PATH="/home/Programs/sambamba.0.8.1:$PATH" ' >>~/.bashrc # source ~/....