flagstat: 统计 BAM 文件中的 reads 的标志位,可以显示 QC 通过和失败的 reads 数目,以及各种配对情况和重复情况。 markdup: 标记或者移除 BAM 文件中的重复 reads,可以设置临时文件目录和压缩级别,使用 Picard 算法。 slice: 提取 BAM 文件中的某个区域,可以指定输出格式和过滤条件。 subsample: 对 BAM 文件进行...
flagstat: 统计 BAM 文件中的 reads 的标志位,可以显示 QC 通过和失败的 reads 数目,以及各种配对情况和重复情况。 markdup: 标记或者移除 BAM 文件中的重复 reads,可以设置临时文件目录和压缩级别,使用 Picard 算法。 slice: 提取 BAM 文件中的某个区域,可以指定输出格式和过滤条件。 subsample: 对 BAM 文件进行...
流程 虽然上次我推荐了samtools rmdup和MarkDuplicatesSpark,但是考虑到大多数同学都更常使用GATK,而MarkDuplicatesSpark的速度实在是太慢,所以最终还是选择queryname排序后使用MarkDuplicates来处理。 将一个已有的bam重新mark duplicates的流程如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ sambamba sort-t24-...
sambamba markdup -t 4 --tmpdir ~/test d0.bam ~/test/d0_mkdup.bam ##其余参数 -r: #移除重复的reads,而不仅仅是标记它们。【直接从数据中清除被识别为重复的reads】 -t: #设定使用的线程数量 -l: #指定结果文件的压缩级别,范围从 0(无压缩)到 9(最大压缩) -p: #在标准错误输出 (STDERR) 中...
sambamba markdup -t 8 input.bam output.bam 其中，markdup命令用于去重，-t参数用于指定线程数，input.bam是要去重的BAM文件，output.bam是去重后的输出文件名。此外，sambamba 还支持过滤、统计、索引等多种操作。用户可以根据自己的需求选择相应的命令进行处理。因为 sambamba 是一个开源的工具，所以用户可以随时...
sambamba markdup is dying (sig 11 I think) with: sambamba-markdup: Read reference ID is out of range This only happens for some (one at the moment) bam file. Others work fine. v0.6.1 command: sambamba_v0.6.1 markdup -t 8 merged.bam merged_markdup.bam complete output: finding position...
sambamba 0.6.8 from bioconda I run markdup on a cluster and generated the segmentation fault error and left a core.* temporary file. This error is consistent among all the computer with different CPU (either Xeon or AMD Opteron). Any tho...
markdup mark or remove duplicates (BAM) subsample subsample (BAM) flagstat output statistics (BAM) depth output statistics (BAM) validate simple validator (BAM) No longer recommended: mpileup parallel execution of samtools (BAM) To get help on a particular command, call it without args. ...
目前认为,samtools rmdup已经过时了,应该使用samtools markdup代替。samtools markdup与picard MarkDuplicates采用类似的策略。 (2) Picard 该工具的MarkDuplicates方法也可以识别duplicates。但是与samtools rmdup不同的是,该工具仅仅是对duplicates做一个标记,只在需要的时候对reads进行去重。
一、samtools markdup的使用 1)The first sort can be omitted if the file is already name order...