slice input.bam chr1H:10000-20000>output.bam 这样我们就得到我们的靶区文件啦! 甚至可以用它来标记重复序列,并且选择保留或删除这些重复序列。假设你想要标记test.bam文件中的重复序列,并且删除它们,你可以使用以下命令: sambamba markdup-r test.bam dedup.bam -r 表示删除重复,默认仅标记不删除。这样就会生成一...
5子命令用法及参数 sambamba 最经常用到的功能应该就是标记重复 markdup — 标记去重 识别并标记(默认)或移除在测序数据中出现的重复reads。重复reads通常是测序或样本准备过程中的 PCR 扩增产生的,它们可能会影响后续变异检测和其他生物信息学分析的准确性。在判断一个读取是否为重复时,采用的是与 Picard 工具相同的...
而samtools,显然是认为1000数值上比10004小,所以将1000放在了前面。这两种排序方式在使用sort命令的时候遇到过。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 $ echo-e'200\n1000'|sort1000200$ echo-e'200\n1000'|sort-n2001000 加了-n才按数值排序,默认是按ASCII码排序。 具体看一下错误信息中提到的...
bam 其中，markdup命令用于去重，-t参数用于指定线程数，input.bam是要去重的BAM文件，output.bam是去重后的输出文件名。此外，sambamba 还支持过滤、统计、索引等多种操作。用户可以根据自己的需求选择相应的命令进行处理。因为 sambamba 是一个开源的工具，所以用户可以随时查看其官方文档以获取更多信息和使用方法。
markdup: 标记或者移除 BAM 文件中的重复 reads,可以设置临时文件目录和压缩级别,使用 Picard 算法。 slice: 提取 BAM 文件中的某个区域,可以指定输出格式和过滤条件。 subsample: 对 BAM 文件进行子采样。子采样是指从原始数据中随机选择一部分数据,以便在保留原始数据特征的同时减少数据量,可以提高计算效率。
-T, --cov-threshold=COVTHRESHOLD: 与 'region' 子命令中的含义相同,表示覆盖度的阈值 结果会生成一个文本文件,列出了每个染色体上每个碱基位置的覆盖度。 slice 拆分 bam 文件 sambamba slice input.bam chr1H:10000-20000 > output.bam markdup — 去重 ...
For Markdup almost 6x faster and for view 4x faster. For sort sambamba has been beaten, though sambamba is notably up to 2x faster than samtools on large RAM machines (120GB+). In addition sambamba has a few interesting features to offer, in particular fast large machine sort, see ...
二、sambamba markdup的使用 一行命令即可: sambamba markdup--overflow-list-size600000--tmpdir='./'-r raw.bam rmdup.bam 补充: sambamba的安装方法如下: 比对结果去重软件:sambamba的安装以及安装出错解决办法 - 简书 (jianshu.com) ---
目前认为,samtools rmdup已经过时了,应该使用samtools markdup代替。samtools markdup与picard MarkDuplicates采用类似的策略。 (2) Picard 该工具的MarkDuplicates方法也可以识别duplicates。但是与samtools rmdup不同的是,该工具仅仅是对duplicates做一个标记,只在需要的时候对reads进行去重。
甚至可以用它来标记重复序列,并且选择保留或删除这些重复序列。假设你想要标记test.bam文件中的重复序列,并且删除它们,你可以使用以下命令: sambamba markdup-r test.bam dedup.bam -r 表示删除重复,默认仅标记不删除。这样就会生成一个新的BAM文件,去除了所有被标记为重复的reads。你也可以选择保留重复序列,但是给它...