Rosetta Flex ddG是2018年发布的最新蛋白亲和力成熟模块。其考虑了蛋白质复合物界面的骨架柔性,使用多构象集合评估平均的突变结合自由能变,并使用GAM模型对能量打分进行校正,使其更加符合实验结果。 通过大量测试结果表明,Rosetta Flex ddG模块在预测Small-to-large mutation组、Multiple mutations, none to alanine组、Sin...
Rosetta Flex ddG是2018年发布的最新蛋白亲和力成熟模块。其考虑了蛋白质复合物界面的骨架柔性,使用多构象集合评估平均的突变结合自由能变,并使用GAM模型对能量打分进行校正,使其更加符合实验结果。 通过大量测试结果表明,Rosetta Flex ddG模块在预测Small-to-lar...
对新的构象集合进行打分平均化,GAM拟合,评估突变带来的影响。通过大量测试结果表明,Rosetta Flex ddG因其对蛋白骨架二面角进行了充分的采样,能够更好地评估大侧链突变为小侧链的能量变化、多点联合突变、丙氨酸扫描等场景
A. et al. Flex ddG: Rosetta ensemble-based estimation of changes in protein-protein binding affinity upon mutation. J. Phys. Chem. B 122, 5389–5399 (2018). CAS PubMed PubMed Central Google Scholar Smith, C. A. & Kortemme, T. Backrub-like backbone simulation recapitulates natural ...
Barlow, K. A. et al. Flex ddG: Rosetta ensemble-based estimation of changes in protein-protein binding affinity upon mutation.J. Phys. Chem. B122, 5389–5399 (2018). CASPubMedPubMed CentralGoogle Scholar Smith, C. A. & Kortemme, T. Backrub-like backbone simulation recapitulates natural ...
Rosetta是大分子模型设计软件,拥有310万行代码和许多最先进的应用程序。自1990年代中期以来,这个软件由RosettaCommons共同开发维护。RosettaCommons是一个来自60多个机构的学术社区,具有包括化学、生物学、生理学、物理学、工程学、数学和计算机科学在内的不同学科背景。
flex-ddG.md Created flex ddG (markdown) Aug 10, 2018 full-options-list.md Test server update for 25b0602362ee7d8b5880e635ca4f86670e545ee0 Dec 5, 2023 rcdocs-config.yml add Thin config file for (non public facing) docs Mar 15, 2021 ...
-DDG_cutoff 设定仅输出ddG优于此限制的突变 (其他信息略) 3:确认要使用的代码,记录下来并到终端运行。 我们使用的代码是(此时在Rosetta目录下): ./main/source/bin/pmut_scan_parallel.linuxgccrelease -database ./database -s ~/Rosetta_task/in_1.pdb -ex1 -ex2 -extrachi_cutoff 1 -use_input_sc ...
该方案利用Backrub采样118 创建构象组合,然后重新打包侧链,最小化扭转,并通过组合平均计算蛋白质-蛋白质相互作用 ΔΔG 的变化。在 1,240 个界面突变体上,FlexDDG 的表现优于早期的 ddg_monomer 应用程序,后者是用来预测突变后稳定性的变化,而不是界面。
<ROSETTASCRIPTS> <TASKOPERATIONS> ProteinInterfaceDesign name=pido repack_chain1=1 repack_chain2=1 design_chain1=0 design_chain2=1 interface_distance_cutoff=10/> task operation that designates which residues are designable and repackable at the interface </TASKOPERATIONS> <FILTERS> <Ddg name="d...