传统的GWAS分析都是以鉴定点突变为主,如:SNP、Indel等,但还可以以某片段上的突变数量进行个性化分析,如:当基因组区域受到的选择达到一定程度时,会造成一定数量和一定密度的SNP表现为纯合,进而判定该区域存在连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)(图1)。基于ROH评估近交是利用全基因组分析信息评估近交的一种方...
本探究旨在利用基因组关联分析(GWAS)、拷贝数变异(CNV)和连锁不平衡区段(ROH)的方法,开掘宁夏地区荷斯坦奶牛的重要性状候选基因。通过全面分析基因组信息,期望为荷斯坦奶牛的育种工作提供科学依据。 1. 引言 荷斯坦奶牛以其高产性能和优质奶品质,成为全球最重要的乳品牛品种之一。宁夏地区因其奇特的地理和气候条件,...
作者还建议不要在计算ROH前进行maf过滤,因为会大幅影响ROH片段长度。 MAF过滤在GWAS中被广泛使用,主要是因为GWAS非常强调单个基因型的精确度,但ROH中,单个snp的精度下降的影响很小。而且,实验结果表明,MAF过滤并不能改善ROH的检测。 5.检测参数 1.Minimal density(in kb/SNP) 结果表明,snp密度对ROH的影响很大 密...
Moreover, ROH are suited to detect signatures of selection via ROH islands and are used in other applications, such as genomic prediction and genome-wide association studies (GWAS). Currently, a vast amount of single nucleotide polymorphism (SNP) data is available online, but most of these ...
随着高通量测序成本的大幅降低,基因组重测序等技术被广泛地应用于动植物基因组研究中,传统的GWAS分析都是以鉴定点突变为主,如:SNP、Indel等,但还可以以某片段上的突变数量进行个性化分析,如:当基因组区域受到的选择达到一定程度时,会造成一定数量和一定密度的SNP表现为纯合,进而判定该区域存在连续性纯合片段(runs of...
对于个体,其基因组上的一段区域内所有位点均为纯合的区域,被称为一段纯合性片段 (Runs of homozygosity,ROH). ROH的出现通常是由于个体来自父母双方的单倍体型是相同的,而这个单倍体型又是从过去某个时间点的共同祖先继承而来。ROH的概念不依赖于已知的家系,也不需要一个基线群体。但实际操作中,ROH通常规定有一个...
Comparison of genomic locations for GWAS, signature of selection, and ROH results.EuiSoo KimTad S. SonstegardMarcos V. G. B. da SilvaLouis C. GasbarreCurtis P. Van Tassell