蛋白质-RNA相互作用分子对接界面设计复合物结构预测蛋白质-RNA之间的相互作用是蛋白质在细胞里面行使功能的重要方式之一。结构生物学家利用实验手段可以得到蛋白质-RNA复合物的三维结构,通过原子水平的晶体结构来解释蛋白质与RNA的识别过程。但实验取得蛋白质-RNA的复合物结构非常困难,耗钱、耗时,同时受限于其相互作用强度...
1. 基于结构的预测方法：分子对接（Molecular Docking）：如果您已知蛋白质和双链RNA的3D结构，可以使用...
这些描述符可以用来预测RNA-蛋白相互作用。 常用的RNA-蛋白相互作用预测描述符包括RNA结构、蛋白质结构、RNA序列、蛋白质序列、RNA功能、蛋白质功能等。这些描述符可以用来预测RNA-蛋白相互作用。需要注意的是,RNA-蛋白相互作用预测是一个复杂的问题,目前尚没有一种完美的方法可以预测所有RNA-蛋白相互作用。不同的预测...
清华大学张强锋课题组在Cell Research杂志上,发表了题为“使用人工智能方法基于细胞内RNA结构预测蛋白质-RNA动态相互作用”(Predicting dynamic cellular protein–RNA interactions by deep learning using in vivo RNA structures)的研究长文。该工作首先使用icSHAPE实验解析了七种常用细胞类型的RNA二级结构图谱,并开发人工...
RNAplonc (Negri et al. 2019)程序计算转录本的蛋白质编码能力，使用至少两个软件中检测到的非蛋白质...
在预测蛋白质-RNA相互作用时,分子动力学模拟可以通过模拟蛋白质和RNA的结构和动力学来预测它们之间的相互作用。以下是一些常用的分子动力学模拟方法: 1. 模拟蛋白质结构的积分分子动力学模拟在积分分子动力学模拟中,蛋白质和RNA被建模为由原子组成的分子,在时间序列上进行模拟,以预测它们之间的相互作用。此外,通过计算...
与现有的预测方法相比,AlphaFold 3 发现蛋白质与其他分子类型的相互作用至少提高了 50%,对于一些重要的相互作用类别,预测准确率甚至提高了一倍。 研究团队认为,AlphaFold 3 将有助于改变我们对生物世界和药物发现的理解,进而开启人工智能细胞生物学的新时代。为了利用 AlphaFold 3 在药物设计方面的潜力,Isomorphic Labs ...
BMC Bioinformatics 2011, 12:489http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/489RESEARCH ARTICLE Open AccessPredicting RNA-Protein Interactions Using OnlySequence InformationUsha K Muppirala1,2* , Vasant G Honavar 1,3and Drena Dobbs1,2AbstractBackground: RNA-protein interactions (RPIs) play important...
proteinrnainteractions蛋白质predicting相互作用 RESEARCHARTICLEOpenAccessPredictingRNA-ProteinInteractionsUsingOnlySequenceInformationUshaKMuppirala1,2*,VasantGHonavar1,3andDrenaDobbs1,2AbstractBackground:RNA-proteininteractions(RPIs)playimportantrolesinawidevarietyofcellularprocesses,rangingfromtranscriptionalandpost-transc...