上一篇推文讲了bulk RNA-Seq的数据清洗部分,接下来就是将清洗后的数据比对到参考基因组上(有参)。如果没有参考基因组,那么就需要我们自己去组装基因组了。 1.mapping常用的工具 1.1BWA:包括BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM,第一个算法设计用于 Illumina 序列读取高达 100bp,而其余两个用于更长的序列,范围...
在进行bulk RNA-Seq数据分析时，将清洗后的数据比对到参考基因组是关键步骤之一。本文将详细介绍如何进行这一过程。常用的比对工具包括BWA、Bowtie2和Hisat2。其中，BWA包含多个算法，BWA-backtrack和BWA-SW适用于Illumina序列读取，而BWA-MEM则适用于更长的序列，从70bp到1Mbp。在70-100bp的Illumina读...
不过如果使用STAR/BWA等有soft-clip机制的比对工具也可以不考虑。)。但是,3ʹ mRNA-seq方法可能会受到转录本序列相似区域 (homopolymeric region) 导致的引物结合错误进而导致扩增出错误的片段的影响;也只能进行非常有限的转录异构体分析,这会抵消这一方法因为测序深度需求低带来的高性价比,尤其是对于那些仅够一次使用...
RNA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件,这是由于真核生物内含子的存在,导致测到的reads并不与基因组序列完全一致(如下图所示),因此需要使用Tophat/HISAT/STAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。 基因组比对: Tophat2:可以说是最被公认的RNA测序比对软件(实际上是在DNA比对软件Bowtie的基础上...
序列比对:使用工具如HISAT2、Bowtie2或BWA将处理后的序列比对到参考基因组上。这一步骤生成SAM/BAM格式的比对结果文件。 排序与索引:利用Samtools等工具对比对结果进行排序并创建索引,便于后续分析。 定量表达水平:使用FeatureCounts、HTSeq或StringTie等工具计算每个基因或转录本的表达量,通常以FPKM(Fragments Per Kilob...
RNA-Seq数据比对和DNA-Seq数据比对有什么差异? RNA-Seq数据分析分为很多种,比如说找差异表达基因或寻找新的可变剪切。如果找差异表达基因单纯只需要确定不同的read计数就行的话,我们可以用bowtie, bwa这类比对工具,或者是salmon这类align-free工具,并且后者的速度更快。 但是如果你需要找到新的isoform,或者RNA的...
如果找差异表达基因单纯只需要确定不同的read计数就行的话,我们可以用bowtie, bwa这类比对工具,或者是salmon这类align-free工具,并且后者的速度更快。 但是如果你需要找到新的isoform,或者RNA的可变剪切,看看外显子使用差异的话,你就需要TopHat, HISAT2或者是STAR这类工具用于找到剪切位点。因为RNA-Seq不同于DNA-...
4. miRTools 2.0 , a tool for prediction and profiling of sRNA species, uses by default reads that are 18–30 bases long5. 比对到参考基因组上,比对软件有:Bowtie2 ,STAR , or Burrows-Wheeler Aligner (BWA) PatMaN and MicroRazerS map short sequences ...
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤：1）⽐对；2） read count计算；3） read count的归⼀化；4）差异表达分析；背景知识：1）⽐对：普通⽐对： BWA，SOAP 开⼤GAP⽐对：Tophat（Bowtie2）；2） Read count(多重⽐对的问题）：丢弃 平均分配 利⽤Unique region估计并重新...
因为不需要考虑外显子连接检测 (exon junction)和基因长度归一化,这一方法的数据分析也简化了(生信宝典注:其实也是需要考虑的,转录本末端或UTR区也会存在剪接,具体取决于测序读长和特定基因的结构。不过如果使用STAR/BWA等有soft-clip机制的比对工具也可以不考虑。)。但是,3ʹ mRNA-seq方法可能会受到导致的引物...