遇到问题:Aligment 统计,比对率 在 28%-47%之间。 Aligment 解决思路:找到比对不上的序列,进行blast 比对,查看比对上的是什么。 具体排查: Aligment 下会有比对上的fq ID; (A) QC 中有所有fq ID(B) QC 中不含Aligment_fq_ID 的剩下所有ID 为比对不上的ID(B-A) 根据相应软件(blast),查看这些比对...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
2、RNA基因组比对(RNA Mapping)采用Hisat2/Mapsplice/Star/Tophat2等算法进行基因组比对,得到基因组比对的bam文件,并基于bam文件进行信息统计,得到基因组比对率、reads在基因结构和染色体上的分布结果。图2部分展示了RNA基因组比对结果。 3、表达量统计(Expression)采用HTSeq以及基因组注释的gff3文件,根据单端或双端...
比对之后会输出如下结果 根据结果,显示的overall的比对率为97.19% 3. SAMtools三板斧 SAM(sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式,当然他可以用于存放未比对的数据。所以,SAM的格式说明 而目前处理SAM格式的工具主要是SAMTools,这是Heng Li大神写的.除了C语言版本,还有Java的Picard...
2、RNA基因组比对(RNA Mapping)采用Hisat2/Mapsplice/Star/Tophat2等算法进行基因组比对,得到基因组比对的bam文件,并基于bam文件进行信息统计,得到基因组比对率、reads在基因结构和染色体上的分布结果。图2部分展示了RNA基因组比对结果。 reads在基因结构和染色体上的分布情况 ...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
RNA-seq数据通常有较高的重复率 (duplication rates),即许多测序序列会比对到转录组的相同位置。在全基因组测序中,比对到同一位置的序列被认为是PCR扩增引入的技术噪音,通常只保留1条用于后续分析;而在RNA-seq中,这些重复的序列则因为可能是真实的生物信号而被保留。高表达的转录本在样本中可能有数百万份RNA拷贝,当...
2)超过50%比对率的transcriptomic数据用于分析,所以质检可能很松,并且缺样品 上传的数据类型多样,可能不能直接比较,例如RNA-seq和RIP-seq都在矩阵里,但是不好直接比较。 3)Normalized矩阵文件并非充分标准化的。 对生信数据分析行业带来的冲击: 1)GEO的RNA-seq分析几乎要变得免费,无门槛了 ...